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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000058

染色体: Chr08 坐标: 341503-345643 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000058
名称SmilChr08G000058
描述polygalacturonase-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向341503 - 345643 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999682
GeneID130999682
locus_tag-
NCBI NameLOC130999682
原始查询SmilChr08G000058

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述polygalacturonase-like
产物polygalacturonase-like
ArabidopsisAT3G59850 (AT3G59850)
Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825155]
identity=60.5; qcov=0.927; evalue=3.1e-169; confidence=high
RiceOs01g0623600 (OsPGL32)
-
identity=48.3; qcov=1.02; evalue=5.23e-137; confidence=high
GOGO:0004650 (polygalacturonase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGGsmil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00295 (Glyco_hydro_28)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999682

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057781274.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057781274.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057781274.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781274.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781274.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:343407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C56
Chr8:343422 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C85
Chr8:343483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:343537 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 85 A18,A2,A21,A24,A7,B1,B101,B104,B106,B108,B117,B12,B122,B123,B124,B126,B129,B13,B130,B131,B135,B138,B14,B140,B2,B21,B23,B24,B25,B26,B28,B32,B33,B36,B4,B42,B46,B47,B5,B53,B56,B59,B60,B66,B68,B69,B78,B83,B90,B92,B96,B97,C14,C15,C20,C22,C23,C28,C29,C31,C35,C36,C38,C4,C43,C44,C48,C51,C54,C55,C57,C59,C6,C64,C65,C66,C78,C8,C85,D10,D11,D4,D6,D7,D8
Chr8:343563 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B30,B63,B95,C73
Chr8:343577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B109,C84
Chr8:343612 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr8:344256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr8:344395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:344427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr8:344598 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:345132 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B45,B84,C41,C82,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781274.1
396 aa
N
1
198
396
Glyco_hydro_28
C
PF00295 Glyco_hydro_28 58-382 aa
XP_057781275.1
396 aa
N
1
198
396
Glyco_hydro_28
C
PF00295 Glyco_hydro_28 58-382 aa
XP_057781276.1
396 aa
N
1
198
396
Glyco_hydro_28
C
PF00295 Glyco_hydro_28 58-382 aa
XP_057781277.1
396 aa
N
1
198
396
Glyco_hydro_28
C
PF00295 Glyco_hydro_28 58-382 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781274.1 Pfam PF00295 Glyco_hydro_28 Repeat 58 382 5.6e-88 295.9 Glycosyl hydrolases family 28
XP_057781275.1 Pfam PF00295 Glyco_hydro_28 Repeat 58 382 5.6e-88 295.9 Glycosyl hydrolases family 28
XP_057781276.1 Pfam PF00295 Glyco_hydro_28 Repeat 58 382 5.6e-88 295.9 Glycosyl hydrolases family 28
XP_057781277.1 Pfam PF00295 Glyco_hydro_28 Repeat 58 382 5.6e-88 295.9 Glycosyl hydrolases family 28

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925292.1
CAACACTTCCCCATCTCATCATGTTCTTTTAAAAAAGAATTCCACACACAACACACACTAAATCACCAAGAATCACTACAACTCACATGGCAAACCCTACAACCATTCTTTTCACATCACTTTTCCTCGCATCTCTCCACCAATCATCACAATCCATTCCAACCAATTCGACCACGTACGACGTCGTGGAATTAGGAGCGAATCCCAACGGTGAAATCGAATCCACAAATTCCATGTTGAGAGCATGGTCCTTAGCTTGT...
XM_057925294.1
CAACACTTCCCCATCTCATCATGTTCTTTTAAAAAAGAATTCCACACACAACACACACTAAATCACCAAGAATCACTACAACTCACATGGCAAACCCTACAACCATTCTTTTCACATCACTTTTCCTCGCATCTCTCCACCAATCATCACAATCCATTCCAACCAATTCGACCACGTACGACGTCGTGGAATTAGGAGCGAATCCCAACGGTGAAATCGAATCCACAAATTCCATGTTGAGAGCATGGTCCTTAGCTTGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130999682
ATGGCAAACCCTACAACCATTCTTTTCACATCACTTTTCCTCGCATCTCTCCACCAATCATCACAATCCATTCCAACCAATTCGACCACGTACGACGTCGTGGAATTAGGAGCGAATCCCAACGGTGAAATCGAATCCACAAATTCCATGTTGAGAGCATGGTCCTTAGCTTGTGCCTCCACAACTCCACCCACTATTTACGTGCCACGTGGCAGATTCCTCCTCAAGAGCCTTCACTTCAAGGGCCCGTGCAACAACAC...
LOC130999682
ATGGCAAACCCTACAACCATTCTTTTCACATCACTTTTCCTCGCATCTCTCCACCAATCATCACAATCCATTCCAACCAATTCGACCACGTACGACGTCGTGGAATTAGGAGCGAATCCCAACGGTGAAATCGAATCCACAAATTCCATGTTGAGAGCATGGTCCTTAGCTTGTGCCTCCACAACTCCACCCACTATTTACGTGCCACGTGGCAGATTCCTCCTCAAGAGCCTTCACTTCAAGGGCCCGTGCAACAACAC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057781274.1
MANPTTILFTSLFLASLHQSSQSIPTNSTTYDVVELGANPNGEIESTNSMLRAWSLACASTTPPTIYVPRGRFLLKSLHFKGPCNNTAVTLRIDGTLVAPPDYAATGGAAYWLLFEGAHGVSIRGGVLDGRGSALWACKMNGEKCPDGTTTLGISNSKNVTISGLTSLNSQMFHIVINGCKNVMLQGVTILASENSPNTDGIHVQLSTGVTILNSKIGTGDDCISIGPGATGLWIEGVGCGPGHGISIGSLGKDFEEEGV...
XP_057781275.1
MANPTTILFTSLFLASLHQSSQSIPTNSTTYDVVELGANPNGEIESTNSMLRAWSLACASTTPPTIYVPRGRFLLKSLHFKGPCNNTAVTLRIDGTLVAPPDYAATGGAAYWLLFEGAHGVSIRGGVLDGRGSALWACKMNGEKCPDGTTTLGISNSKNVTISGLTSLNSQMFHIVINGCKNVMLQGVTILASENSPNTDGIHVQLSTGVTILNSKIGTGDDCISIGPGATGLWIEGVGCGPGHGISIGSLGKDFEEEGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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