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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000063

染色体: Chr08 坐标: 364351-366410 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000063
名称SmilChr08G000063
描述6,7,8-trihydroxycoumarin synthase-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向364351 - 366410 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999685
GeneID130999685
locus_tag-
NCBI NameLOC130999685
原始查询SmilChr08G000063

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述6,7,8-trihydroxycoumarin synthase-like
产物6%2C7%2C8-trihydroxycoumarin synthase-like
ArabidopsisAT4G31500 (CYP83B1)
cytochrome P450, family 83, subfamily B, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829277]
identity=48.2; qcov=0.976; evalue=2.51e-158; confidence=high
RiceOs02g0185900
-
identity=37.8; qcov=0.964; evalue=1.44e-117; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999685

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057781280.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057781280.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781280.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781280.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781280.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:364431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr8:364493 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C1
Chr8:364498 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B98,C75,C78,D7
Chr8:364508 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C25
Chr8:364519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr8:364520 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B107
Chr8:364520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:364531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B19,B40,B53,C49,D1
Chr8:364545 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B104,C14
Chr8:364554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,C6,C79
Chr8:364644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B44,B83,C52,C61
Chr8:364648 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 90 A18,A2,A21,A24,A7,B1,B101,B104,B106,B108,B117,B12,B122,B123,B124,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B135,B138,B14,B140,B18,B19,B2,B21,B23,B24,B25,B26,B28,B32,B33,B36,B4,B41,B42,B43,B46,B47,B5,B53,B56,B59,B60,B66,B68,B69,B78,B79,B83,B85,B88,B90,B92,B96,B97,C14,C15,C20,C22,C23,C28,C29,C31,C36,C38,C43,C44,C48,C51,C54,C55,C57,C59,C6,C64,C65,C66,C78,C8,C82,C85,D4,D6,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781280.1
500 aa
N
1
250
500
p450
C
PF00067 p450 29-491 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781280.1 Pfam PF00067 p450 Domain 29 491 2.2e-104 350.5 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925297.1
ATCTAATATCTCTACCACAAAATCCACAATGATACTTCTATTATCCATATTTTTTCCCATAATCTTCTTCTACCTTTTCCAAAAAACTCGAAAAACAACAAAATTAAATCTCCCGCCGGGTCCCCCACGGCTGCCGTTAATCGGAAACCTCCACCAGATCGCCACCGCCGGCGACCTACACTTTTATCTATGGCGTCTCTCCAAGAAATACAACTCTCCAATTATTCACATGAAATTAGGGTCTCTCCCCCTAATTGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999685
ATGATACTTCTATTATCCATATTTTTTCCCATAATCTTCTTCTACCTTTTCCAAAAAACTCGAAAAACAACAAAATTAAATCTCCCGCCGGGTCCCCCACGGCTGCCGTTAATCGGAAACCTCCACCAGATCGCCACCGCCGGCGACCTACACTTTTATCTATGGCGTCTCTCCAAGAAATACAACTCTCCAATTATTCACATGAAATTAGGGTCTCTCCCCCTAATTGTTGTTTCCTCGCCAAAATTGGCAAAAGAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781280.1
MILLLSIFFPIIFFYLFQKTRKTTKLNLPPGPPRLPLIGNLHQIATAGDLHFYLWRLSKKYNSPIIHMKLGSLPLIVVSSPKLAKEVLQTQDLAFCSRPKSVAMQKLAYQYSDIAFSPYSDNWREMRKITSIHLFSTKKVQSFRPIREDEISLMIAKISKSASSHQVVNLSEMATALSSSLISRIAFGRKYNNNESEMRRFKKLLDEFVEMTHTFFVSDYIPALGWVDKLVGSRKRLDRIFENHDSFYQELIDEHLDPKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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