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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000080

染色体: Chr08 坐标: 463452-466888 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000080
名称SmilChr08G000080
描述probable disease resistance protein RF45
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向463452 - 466888 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999706
GeneID130999706
locus_tag-
NCBI NameLOC130999706
原始查询SmilChr08G000080

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable disease resistance protein RF45
产物probable disease resistance protein RF45
ArabidopsisAT5G43470 (RPP8)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834367]
identity=32.7; qcov=1.03; evalue=4.98e-131; confidence=low
RiceOs10g0183000 (OsLSR)
-
identity=28; qcov=1.02; evalue=2.25e-70; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF13191 (AAA_16); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999706

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781310.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781310.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781310.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781310.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781310.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:463717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,D2
Chr8:463820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr8:463846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,C46,C5
Chr8:463858 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,B64
Chr8:463859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,B64
Chr8:463882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C27
Chr8:463889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B126,B19,C16,C70
Chr8:463931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B36,C5
Chr8:463932 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:463935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,B7,C57
Chr8:463946 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C40
Chr8:463946 GAC G 2bp_deletion CDS_variant 1 C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781310.1
925 aa
N
1
462
925
Rx_N
AAA_16
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-88 aa PF13191 AAA_16 168-285 aa PF00931 NB-ARC 172-345 aa PF23559 WHD_DRP 428-502 aa PF23598 LRR_14 582-894 aa
XP_057781311.1
925 aa
N
1
462
925
Rx_N
AAA_16
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-88 aa PF13191 AAA_16 168-285 aa PF00931 NB-ARC 172-345 aa PF23559 WHD_DRP 428-502 aa PF23598 LRR_14 582-894 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781310.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 88 1.8e-18 67.2 Rx N-terminal domain
XP_057781310.1 Pfam PF13191 AAA_16 Domain 168 285 3.7e-08 34.8 AAA ATPase domain
XP_057781310.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 172 345 3.2e-35 121.9 NB-ARC domain
XP_057781310.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 428 502 5.4e-11 43.1 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781310.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 582 894 1.2e-24 87.5 Leucine-rich repeat region
XP_057781311.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 88 1.8e-18 67.2 Rx N-terminal domain
XP_057781311.1 Pfam PF13191 AAA_16 Domain 168 285 3.7e-08 34.8 AAA ATPase domain
XP_057781311.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 172 345 3.2e-35 121.9 NB-ARC domain
XP_057781311.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 428 502 5.4e-11 43.1 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057781311.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 582 894 1.2e-24 87.5 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925327.1
GTGCTTTCTCATAAGCTAAACTACTTTCACACTTTTCCCCGCAAACGAAAGTCAAACCTCTCCCTTTTTCCTCACACAACTCTCCAAGAACTAATTTCTCTGTTCCAAAATCAAAATTCTTTGCAATCTCCATTGAAGAATTTGTATTCACAACAACGATTTCCATATCCTTATCCCTCTCTATATACTCTCACCAATACTAAATCAGTTTGACCAAAGAAATTCGAGTTTGGAATTGTTGCGATGGCAGAAGCAGTGGT...
XM_057925328.1
GTGCTTTCTCATAAGCTAAACTACTTTCACACTTTTCCCCGCAAACGAAAGTCAAACCTCTCCCTTTTTCCTCACACAACTCTCCAAGAACTAATTTCTCTGTTCCAAAATCAAAATTCTTTGCAATCTCCATTGAAGAATTTGTATTCACAACAACGATTTCCATATCCTTATCCCTCTCTATATACTCTCACCAATACTAAATCAGTTTGACCAAAGAAATTCGAGTTTGGAATTGTTGCGATGGCAGAAGCAGTGGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130999706
ATGGCAGAAGCAGTGGTGTCGACTGCTCTAGAAACCTTGCGCGGTTTGTTTGTGGAAGAAGCAAGGTTTTTATATGGTGTGGGCGACCAAGTGAAGGAGCTCGAGATCCAGCTCAAAGAGATGAAGTGTCTTCTCAAAGATGCCGACAGAAGACGACATGAAAGCGAAACCATTTTGAATTGGATCTCGGAGATCAAAGATCTTGTGTACAGAGCCGAAGCTGCCATTGAAAGACACGCAGCTTATCAAGTGACTTCAAG...
LOC130999706
ATGGCAGAAGCAGTGGTGTCGACTGCTCTAGAAACCTTGCGCGGTTTGTTTGTGGAAGAAGCAAGGTTTTTATATGGTGTGGGCGACCAAGTGAAGGAGCTCGAGATCCAGCTCAAAGAGATGAAGTGTCTTCTCAAAGATGCCGACAGAAGACGACATGAAAGCGAAACCATTTTGAATTGGATCTCGGAGATCAAAGATCTTGTGTACAGAGCCGAAGCTGCCATTGAAAGACACGCAGCTTATCAAGTGACTTCAAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057781310.1
MAEAVVSTALETLRGLFVEEARFLYGVGDQVKELEIQLKEMKCLLKDADRRRHESETILNWISEIKDLVYRAEAAIERHAAYQVTSRRKRGLKQLLRRCSCSLEEYKSIHQLGSEISPIKSQLERINKEMLESGIKKSIINNTDEGESSSANNRARKSFPEFEIGDCFVGMKDELKQLLHLLVEDEKHRVISVWGMGGSGKTTIAKKLYNENSTSYDLSAWVCITQQCQSFQSVWNDVLKQLEHQNTKDRPKIREDVTSL...
XP_057781311.1
MAEAVVSTALETLRGLFVEEARFLYGVGDQVKELEIQLKEMKCLLKDADRRRHESETILNWISEIKDLVYRAEAAIERHAAYQVTSRRKRGLKQLLRRCSCSLEEYKSIHQLGSEISPIKSQLERINKEMLESGIKKSIINNTDEGESSSANNRARKSFPEFEIGDCFVGMKDELKQLLHLLVEDEKHRVISVWGMGGSGKTTIAKKLYNENSTSYDLSAWVCITQQCQSFQSVWNDVLKQLEHQNTKDRPKIREDVTSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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