当前解析结果
SmilChr08G000085| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000085 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000085 |
| 描述 | 6,7,8-trihydroxycoumarin synthase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 488793 - 491689 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130996995 |
|---|---|
| GeneID | 130996995 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996995 |
| 原始查询 | SmilChr08G000085 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 6,7,8-trihydroxycoumarin synthase-like |
| 产物 | 6%2C7%2C8-trihydroxycoumarin synthase-like |
| Arabidopsis | AT4G31500 (CYP83B1)cytochrome P450, family 83, subfamily B, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829277] identity=44.4; qcov=0.942; evalue=3.54e-140; confidence=medium |
| Rice | Os09g0275400- identity=37.4; qcov=0.998; evalue=7.4e-111; confidence=medium |
| GO | GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00067 (p450) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996995 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057778259.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057778259.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057778259.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778259.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057778259.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:488832 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,C70 |
Chr8:488864 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C70 |
Chr8:488943 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | C5,C66,C83,C9,D8 |
Chr8:488954 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B109,B120,B129,C10,C8 |
Chr8:488974 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B111,B54,C62 |
Chr8:489059 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B26,B61,B8,C4 |
Chr8:489206 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D10 |
Chr8:489206 |
T |
TA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:489227 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B24,C62,D7 |
Chr8:489317 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr8:489464 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr8:489491 |
GAA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 30 | A19,B105,B113,B118,B126,B132,B23,B26,B33,B42,B48,B52,B64,B66,B69,B7,B87,B91,B95,C12,C30,C42,C56,C59,C63,C79,C84,C87,D7,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778259.1PF00067
p450 35-496 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778259.1 |
Pfam | PF00067 |
p450 | Domain | 35 | 496 | 1.5e-99 | 334.6 | Cytochrome P450 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。