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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000086

染色体: Chr08 坐标: 494431-496899 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000086
名称SmilChr08G000086
描述acyltransferase GLAUCE-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向494431 - 496899 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999712
GeneID130999712
locus_tag-
NCBI NameLOC130999712
原始查询SmilChr08G000086

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acyltransferase GLAUCE-like
产物acyltransferase GLAUCE-like
ArabidopsisAT1G65450 (GLC)
HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842857]
identity=46.9; qcov=1; evalue=4.2e-150; confidence=high
RiceOs01g0924933 (DPW2)
-
identity=31; qcov=0.982; evalue=9.6e-51; confidence=low
GOGO:0016747 (acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups)
KEGG-
PfamPF02458 (Transferase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999712

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057781317.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057781317.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781317.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781317.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781317.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:494598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C17
Chr8:494739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B78,C65
Chr8:494744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:494797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C13
Chr8:494808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B119,B130,B91,C20,C29
Chr8:494811 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B139,B58,B69
Chr8:494811 TG T 1bp_deletion CDS_variant 3 B139,B58,B69
Chr8:494824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B44,D8
Chr8:494851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B53,B58
Chr8:494855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,B58
Chr8:494869 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B139
Chr8:494869 AAC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781317.1
447 aa
N
1
224
447
Transferase
C
PF02458 Transferase 13-443 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781317.1 Pfam PF02458 Transferase Family 13 443 4.5e-92 309.7 Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925334.1
AATTTGATTATTTTATATAAATAAAAAATTGCTTGGTGGGGGCTTGAGCCCCCACTCCCCACATGAACGTGGAGTATATTTTATTCCGACAAGATCATCCCTCTCTTCCCACTACAAAACTACAAGAGATATCTCAAAGGAAAGCAGAAAATCAGATCAAATCATGACATCCCTCTCACCAATTCCATCATTCGATGATCTCAAGATCACATTTCAAGAATACTCCTTAGTATCTCCATCACATGAAAAGACTCAGCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999712
ATGACATCCCTCTCACCAATTCCATCATTCGATGATCTCAAGATCACATTTCAAGAATACTCCTTAGTATCTCCATCACATGAAAAGACTCAGCCAAAATCAATCTTCTTGTCTAACATTGACCAAATTCTTGATTACAACATCCCAACAGCCCATTTCTTCAAGAGAAATCCAGATTTCCCACCTCAAATTGTTGCTGAAAAGCTCAAAATCGCGCTGCGAAGAGTGCTGGTTCCATACGATTTCATGGCAGGGAGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781317.1
MTSLSPIPSFDDLKITFQEYSLVSPSHEKTQPKSIFLSNIDQILDYNIPTAHFFKRNPDFPPQIVAEKLKIALRRVLVPYDFMAGRLELNPQTGRLEIDCNGAGAGFVVASSEISLDEMGDCLIHPNLGYRKLAVEKLENLAHDDKPLCVFQITSFKCGGFAIGMSTNHIILDGMGAKAFMENLASQAFDDEPLAVVPCNNRRLLSARSPPQVAFPHHEYLDLNLPTGEGSRPPVYDCNREELNFRIFKLNPTDITNLKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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