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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000100

染色体: Chr08 坐标: 621857-624360 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000100
名称SmilChr08G000100
描述6,7,8-trihydroxycoumarin synthase-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向621857 - 624360 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999719
GeneID130999719
locus_tag-
NCBI NameLOC130999719
原始查询SmilChr08G000100

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述6,7,8-trihydroxycoumarin synthase-like
产物6%2C7%2C8-trihydroxycoumarin synthase-like
ArabidopsisAT4G31500 (CYP83B1)
cytochrome P450, family 83, subfamily B, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829277]
identity=44.8; qcov=0.977; evalue=1.29e-149; confidence=medium
RiceOs09g0275400
-
identity=39.9; qcov=0.936; evalue=5.31e-117; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999719

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057781321.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057781321.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781321.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781321.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781321.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:621973 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C63
Chr8:622010 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B41,B43
Chr8:622010 CA C 1bp_deletion CDS_variant 2 B41,B43
Chr8:622041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr8:622051 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr8:622051 A AAG 2bp_insertion CDS_variant 1 D11
Chr8:622060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B31,B34,C49,D1
Chr8:622171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B122,B69
Chr8:622199 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B26
Chr8:622342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C23
Chr8:622389 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 4 A8,B120,B122,B62
Chr8:622389 GA G 1bp_deletion CDS_variant 4 A8,B120,B122,B62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781321.1
514 aa
N
1
257
514
p450
C
PF00067 p450 50-504 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781321.1 Pfam PF00067 p450 Domain 50 504 4.3e-105 352.9 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925338.1
ATTTCCTTCACTCTCACCACTACCAAATCAACAGTGTTCCACCAATCAATTAAGCCAAAGAAATCTGAGCTTCAATTCCCTCAAATTGTTGCAATGGCAGAAGCAGTGGTATCGATGGCTCTAGAAACCTTGCGCGATTTGTTGAAAGAAGAACAAATCACAATGATACTCCTATTCTCAATAACTCTCCCAATAATCTTGATCTTTTATCTTCTCCACAAAACCAAAACCCCTCATCTCCCACCGGGCCCGCCGCCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999719
ATGGCAGAAGCAGTGGTATCGATGGCTCTAGAAACCTTGCGCGATTTGTTGAAAGAAGAACAAATCACAATGATACTCCTATTCTCAATAACTCTCCCAATAATCTTGATCTTTTATCTTCTCCACAAAACCAAAACCCCTCATCTCCCACCGGGCCCGCCGCCCCTGCCGTTGATCGGAAACCTCCACCACCTCGCCGCCGCCCCAAACCTTCACCTCTACCTCCACCAACTCACCAAAAAATATGGTCCCATTATCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781321.1
MAEAVVSMALETLRDLLKEEQITMILLFSITLPIILIFYLLHKTKTPHLPPGPPPLPLIGNLHHLAAAPNLHLYLHQLTKKYGPIIHMKLGPIPLLVVSSPKLAKEVLKNQDSKFCSRPKSLGQQKLSYNNSDIIFSPYNEYCKEMRKITTIHLLSPKKVQSFRPIREDEISRMISKIREASDENQAVNMCEMAVSLGINLICKIAFGKECPRRFDELLEEVQAVAVAFYVSDYFPAFGWVDKLTGMIGRLDSAVKKMDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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