当前解析结果
SmilChr08G000116| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000116 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000116 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 74E2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 723030 - 725755 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999738 |
|---|---|
| GeneID | 130999738 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999738 |
| 原始查询 | SmilChr08G000116 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 74E2-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 74E2-like |
| Arabidopsis | AT1G05680 (UGT74E2)Uridine diphosphate glycosyltransferase 74E2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837075] identity=46.8; qcov=0.949; evalue=8.06e-141; confidence=high |
| Rice | Os03g0693600 (OsIAGLU)- identity=39.6; qcov=0.99; evalue=1.43e-103; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999738 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057781340.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057781340.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057781340.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781340.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781340.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:723123 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 18 | A23,B19,B22,B23,B45,B62,B66,B98,C13,C5,C51,C70,C82,C9,D11,D4,D7,D8 |
Chr8:723126 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 14 | A13,B108,B122,B136,B140,B16,B45,B64,B84,B91,C34,C38,C71,C73 |
Chr8:723236 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C51,D4 |
Chr8:723251 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr8:723281 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B60,B79,D10 |
Chr8:723292 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 121 | A1,A10,A11,A16,A2,A22,A23,A24,A3,A5,A6,B1,B10,B103,B104,B105,B106,B108,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B117,B119,B12,B120,B121,B125,B128,B129,B130,B136,B137,B138,B139,B14,B18,B2,B24,B26,B3,B31,B34,B36,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B46,B47,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B63,B65,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B75,B78,B79,B84,B88,B89,B9,B93,B96,C10,C12,C15,C16,C17,C2,C21,C23,C30,C32,C34,C35,C37,C39,C42,C47,C48,C51,C52,C53,C58,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C7,C71,C76,C79,C80,C81,C83,C86,C87,D1,D3,D4,D5,D8 |
Chr8:723296 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 130 | A1,A10,A11,A16,A18,A2,A21,A22,A23,A24,A3,A5,A6,B1,B10,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B119,B12,B120,B121,B125,B126,B128,B129,B130,B136,B137,B138,B139,B14,B18,B2,B24,B26,B3,B31,B34,B36,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B46,B47,B5,B50,B53,B54,B55,B56,B63,B65,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B75,B78,B8,B84,B85,B88,B89,B9,B93,B96,B97,C10,C12,C15,C16,C17,C2,C21,C23,C30,C32,C34,C35,C37,C39,C4,C42,C47,C48,C50,C51,C52,C53,C56,C58,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C7,C71,C76,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C86,C87,D1,D4,D5,D8 |
Chr8:723330 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | A18,A9,B109,C24,C27,C84 |
Chr8:723339 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 26 | A19,A20,A7,B100,B107,B122,B123,B127,B131,B15,B35,B37,B44,B61,B8,B85,C3,C38,C44,C50,C55,C56,C57,C59,C62,C72 |
Chr8:723345 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 26 | A19,A20,A7,B100,B107,B122,B123,B127,B131,B15,B35,B37,B44,B61,B8,B85,C3,C38,C44,C50,C55,C56,C57,C59,C62,C72 |
Chr8:723399 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 25 | A15,B103,B106,B121,B16,B22,B27,B28,B29,B44,B48,B49,B67,B74,B91,C11,C12,C30,C35,C43,C54,C69,C72,D2,D3 |
Chr8:723402 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781340.1PF26168
Glyco_transf_N 35-82 aa
PF00201
UDPGT 284-415 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781340.1 |
Pfam | PF26168 |
Glyco_transf_N | Domain | 35 | 82 | 4.1e-08 | 34.1 | Glycosyltransferase, N-terminal domain |
XP_057781340.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 284 | 415 | 1.1e-22 | 81.2 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。