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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000116

染色体: Chr08 坐标: 723030-725755 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000116
名称SmilChr08G000116
描述UDP-glycosyltransferase 74E2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向723030 - 725755 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999738
GeneID130999738
locus_tag-
NCBI NameLOC130999738
原始查询SmilChr08G000116

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 74E2-like
产物UDP-glycosyltransferase 74E2-like
ArabidopsisAT1G05680 (UGT74E2)
Uridine diphosphate glycosyltransferase 74E2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837075]
identity=46.8; qcov=0.949; evalue=8.06e-141; confidence=high
RiceOs03g0693600 (OsIAGLU)
-
identity=39.6; qcov=0.99; evalue=1.43e-103; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999738

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057781340.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057781340.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057781340.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781340.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781340.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:723123 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 18 A23,B19,B22,B23,B45,B62,B66,B98,C13,C5,C51,C70,C82,C9,D11,D4,D7,D8
Chr8:723126 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 14 A13,B108,B122,B136,B140,B16,B45,B64,B84,B91,C34,C38,C71,C73
Chr8:723236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C51,D4
Chr8:723251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr8:723281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B60,B79,D10
Chr8:723292 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 121 A1,A10,A11,A16,A2,A22,A23,A24,A3,A5,A6,B1,B10,B103,B104,B105,B106,B108,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B117,B119,B12,B120,B121,B125,B128,B129,B130,B136,B137,B138,B139,B14,B18,B2,B24,B26,B3,B31,B34,B36,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B46,B47,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B63,B65,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B75,B78,B79,B84,B88,B89,B9,B93,B96,C10,C12,C15,C16,C17,C2,C21,C23,C30,C32,C34,C35,C37,C39,C42,C47,C48,C51,C52,C53,C58,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C7,C71,C76,C79,C80,C81,C83,C86,C87,D1,D3,D4,D5,D8
Chr8:723296 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 130 A1,A10,A11,A16,A18,A2,A21,A22,A23,A24,A3,A5,A6,B1,B10,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B119,B12,B120,B121,B125,B126,B128,B129,B130,B136,B137,B138,B139,B14,B18,B2,B24,B26,B3,B31,B34,B36,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B46,B47,B5,B50,B53,B54,B55,B56,B63,B65,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B75,B78,B8,B84,B85,B88,B89,B9,B93,B96,B97,C10,C12,C15,C16,C17,C2,C21,C23,C30,C32,C34,C35,C37,C39,C4,C42,C47,C48,C50,C51,C52,C53,C56,C58,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C7,C71,C76,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C86,C87,D1,D4,D5,D8
Chr8:723330 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 6 A18,A9,B109,C24,C27,C84
Chr8:723339 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 26 A19,A20,A7,B100,B107,B122,B123,B127,B131,B15,B35,B37,B44,B61,B8,B85,C3,C38,C44,C50,C55,C56,C57,C59,C62,C72
Chr8:723345 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 26 A19,A20,A7,B100,B107,B122,B123,B127,B131,B15,B35,B37,B44,B61,B8,B85,C3,C38,C44,C50,C55,C56,C57,C59,C62,C72
Chr8:723399 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 25 A15,B103,B106,B121,B16,B22,B27,B28,B29,B44,B48,B49,B67,B74,B91,C11,C12,C30,C35,C43,C54,C69,C72,D2,D3
Chr8:723402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781340.1
487 aa
N
1
244
487
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 35-82 aa PF00201 UDPGT 284-415 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781340.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 35 82 4.1e-08 34.1 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057781340.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 284 415 1.1e-22 81.2 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925357.1
CCAAACTATCATTGCCATATCACATGCTTTCATTTTCTTGCAACAATCAAAACCCCCTTTATTTATACCACACAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAACCACAAACTAAAAATGGCCACAAAAACTCACATCCTCGCCATCCCTTTCCCTCTACAAGGCCACATAAACCCTATGGTCCAGCTCTGCAATCGCCTAGCCTCGAAAGGCGTCGGCGTCACGCTCGTCACCACCGCCACCTTCGCCTCCCGCCTCGAGAGGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999738
ATGCTTTCATTTTCTTGCAACAATCAAAACCCCCTTTATTTATACCACACAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAACCACAAACTAAAAATGGCCACAAAAACTCACATCCTCGCCATCCCTTTCCCTCTACAAGGCCACATAAACCCTATGGTCCAGCTCTGCAATCGCCTAGCCTCGAAAGGCGTCGGCGTCACGCTCGTCACCACCGCCACCTTCGCCTCCCGCCTCGAGAGGCGAGCCGCGGCCGGCGACGGCATGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781340.1
MLSFSCNNQNPLYLYHTKKKKKKSNHKLKMATKTHILAIPFPLQGHINPMVQLCNRLASKGVGVTLVTTATFASRLERRAAAGDGMSKINSETVPDPTVGDLEALDVYDTFIRTFRTAITSSVPDIIDKHINTLSVVVYDSYAPWVLDIAHGKGLKGAVLFTQPCTVCTVFYHVHKGSFVIPPGDDDEEVSLPAMPAMRVRDLPSLVSSKNAYPSVLTLLVEQFSTFEKADWRLFNTFDKLEDEILKWMSKKYTIRTIGP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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