当前解析结果
SmilChr08G000120| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000120 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000120 |
| 描述 | formin-like protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 746237 - 750313 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999740 |
|---|---|
| GeneID | 130999740 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999740 |
| 原始查询 | SmilChr08G000120 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | formin-like protein 1 |
| 产物 | formin-like protein 1 |
| Arabidopsis | AT3G25500 (AFH1)formin homology 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822136] identity=69.3; qcov=0.489; evalue=0; confidence=medium |
| Rice | Os01g0897700 (OsFH1)- identity=68.8; qcov=0.507; evalue=0; confidence=medium |
| GO | GO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0045010 (actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02181 (FH2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999740 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057781341.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781341.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781341.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781341.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057781341.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:746542 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,C34 |
Chr8:746548 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A13,B25 |
Chr8:746626 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,B65 |
Chr8:746642 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,B64 |
Chr8:746731 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B13,B65,D11 |
Chr8:746800 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr8:746815 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B67,D4 |
Chr8:746827 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr8:746872 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:746903 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,D2 |
Chr8:747013 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A14 |
Chr8:747057 |
CGG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 81 | A10,A16,A19,A2,A24,A25,A8,A9,B1,B100,B101,B104,B106,B111,B118,B12,B120,B126,B13,B132,B139,B140,B15,B16,B18,B2,B23,B24,B34,B4,B41,B49,B5,B50,B57,B62,B66,B69,B7,B75,B76,B77,B78,B79,B81,B82,B83,B85,B86,B88,B9,B93,B98,C1,C15,C16,C18,C20,C29,C37,C39,C44,C45,C47,C5,C51,C56,C58,C63,C67,C68,C74,C75,C78,C79,C80,C83,C86,D11,D3,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781341.1PF02181
FH2 440-837 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781341.1 |
Pfam | PF02181 |
FH2 | Family | 440 | 837 | 1.2e-114 | 384.0 | Formin Homology 2 Domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。