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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000120

染色体: Chr08 坐标: 746237-750313 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000120
名称SmilChr08G000120
描述formin-like protein 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向746237 - 750313 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999740
GeneID130999740
locus_tag-
NCBI NameLOC130999740
原始查询SmilChr08G000120

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述formin-like protein 1
产物formin-like protein 1
ArabidopsisAT3G25500 (AFH1)
formin homology 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822136]
identity=69.3; qcov=0.489; evalue=0; confidence=medium
RiceOs01g0897700 (OsFH1)
-
identity=68.8; qcov=0.507; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0045010 (actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG-
PfamPF02181 (FH2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999740

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781341.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781341.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781341.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781341.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781341.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:746542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C34
Chr8:746548 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B25
Chr8:746626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B65
Chr8:746642 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B64
Chr8:746731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B13,B65,D11
Chr8:746800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr8:746815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,D4
Chr8:746827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:746872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:746903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,D2
Chr8:747013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr8:747057 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 81 A10,A16,A19,A2,A24,A25,A8,A9,B1,B100,B101,B104,B106,B111,B118,B12,B120,B126,B13,B132,B139,B140,B15,B16,B18,B2,B23,B24,B34,B4,B41,B49,B5,B50,B57,B62,B66,B69,B7,B75,B76,B77,B78,B79,B81,B82,B83,B85,B86,B88,B9,B93,B98,C1,C15,C16,C18,C20,C29,C37,C39,C44,C45,C47,C5,C51,C56,C58,C63,C67,C68,C74,C75,C78,C79,C80,C83,C86,D11,D3,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781341.1
891 aa
N
1
446
891
FH2
C
PF02181 FH2 440-837 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781341.1 Pfam PF02181 FH2 Family 440 837 1.2e-114 384.0 Formin Homology 2 Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925358.1
CTACTTTTCCACCTTTCTTTGACCTCTGCGGCGAAAAGCCAATTAATATCACTCAGTGTCTGAAACTTTGTCACTGGCGGCATAACTTCTGCAGCACCCACTCCTCCACCGCCATCTCCGGCCCCACCACCACCCCCTCCGCCGCCGCAGCACCGCCGCGGGCGAGCGTTTCACATAGTTAAACCCACATTGTTCAACCTAGCTCCAAACACTCCTAAAAAAAATGCACTATTTCCACCTCCCACCCGCCACCATTCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999740
ATGCACTATTTCCACCTCCCACCCGCCACCATTCTCACATTCCTCCTCCTCCTCTCCGCCGCCGCCGCCGCGGCGACGACGCCGCACCGCCGCCTCCTCCACCAGCCCCTCTTCCCCTTCGACCAGCCCAGCACCATCTCTCAACCCCCCTTCCCCGCCCCCTCCCCCCAACCCCAGCAGCCCAAGTACCCCTTCTCCACCCTCCCCCCACCCGACCCCCCCTCCACCCCCTCAAACGCCTTCTTCCCCTCCTACCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781341.1
MHYFHLPPATILTFLLLLSAAAAAATTPHRRLLHQPLFPFDQPSTISQPPFPAPSPQPQQPKYPFSTLPPPDPPSTPSNAFFPSYLSPPPPPPPPTTSSSSSAAAFGSFPANISSLVLPSSNHPSHKPIKLISLIVSLSLLSILALASLLLLLLRHYRPHAPRHLKSDSLRLFPPDTPTSDTAAPLDPSKKPPPPLHPLHAPSSTSSEFLYLGTLVSSREPPQQQNGQITPPTPTLNYHRLGSPELHPLPPLPRQHSGQI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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