当前解析结果
SmilChr08G000145| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000145 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000145 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000145 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 945532 - 947862 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997002 |
|---|---|
| GeneID | 130997002 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997002 |
| 原始查询 | SmilChr08G000145 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | selenoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837079]; symbol=AT1G05720; hit=AT1G05720; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | selenoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837079]; symbol=AT1G05720; hit=AT1G05720; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT1G05720 (AT1G05720)selenoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837079] identity=67.92; qcov=0.707; evalue=4.35e-49; confidence=medium |
| Rice | Os01g0894500 (P0696G06.11)- identity=61.54; qcov=0.692; evalue=2.11e-41; confidence=medium |
| GO | GO:0005788 (endoplasmic reticulum lumen); GO:0016491 (oxidoreductase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08806 (Sep15_SelM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997002 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057778265.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057778265.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057778265.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:946790 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,B85 |
Chr8:946849 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A14,B122,B90 |
Chr8:947041 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B53 |
Chr8:947055 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B129,B140,B53,C26 |
Chr8:947761 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:947763 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,B123,C3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778265.1PF08806
Sep15_SelM 66-128 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778265.1 |
Pfam | PF08806 |
Sep15_SelM | Domain | 66 | 128 | 1e-16 | 61.4 | Sep15/SelM redox domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。