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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000149

染色体: Chr08 坐标: 965330-967293 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000149
名称SmilChr08G000149
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63400-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向965330 - 967293 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999772
GeneID130999772
locus_tag-
NCBI NameLOC130999772
原始查询SmilChr08G000149

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63400-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63400-like
ArabidopsisAT1G12700 (RPF1)
RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825]
identity=31.1; qcov=0.977; evalue=6.56e-89; confidence=low
RiceOs06g0152500
-
identity=33.5; qcov=0.743; evalue=1.02e-68; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999772

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057781394.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057781394.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781394.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781394.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781394.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:965518 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,C29
Chr8:965718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr8:965857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr8:965980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr8:966073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr8:966133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C5,C67
Chr8:966211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B6,C67
Chr8:966317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr8:966337 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B18
Chr8:966341 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B16,B49,C9
Chr8:966409 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,C20,C29,C53
Chr8:966472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B1,B135,B30,B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781394.1
526 aa
N
1
263
526
PPR
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
C
PF01535 PPR 54-70 aa PF13041 PPR_2 187-229 aa PF01535 PPR 188-212 aa PF23276 TPR_24 198-252 aa PF13812 PPR_3 209-260 aa PF12854 PPR_1 212-244 aa PF13041 PPR_2 216-263 aa PF01535 PPR 219-246 aa PF12854 PPR_1 248-279 aa PF13812 PPR_3 248-297 aa PF13041 PPR_2 251-291 aa PF01535 PPR 253-283 aa PF12854 PPR_1 281-310 aa PF13041 PPR_2 285-333 aa PF01535 PPR 288-318 aa PF13812 PPR_3 310-365 aa PF01535 PPR 324-350 aa PF13041 PPR_2 327-369 aa PF13812 PPR_3 343-400 aa PF12854 PPR_1 353-383 aa PF13041 PPR_2 355-404 aa PF01535 PPR 359-388 aa PF13812 PPR_3 378-435 aa PF12854 PPR_1 386-417 aa PF13041 PPR_2 390-438 aa PF01535 PPR 393-423 aa PF23276 TPR_24 404-494 aa PF13812 PPR_3 414-470 aa PF12854 PPR_1 421-454 aa PF13041 PPR_2 425-473 aa PF01535 PPR 429-458 aa PF13812 PPR_3 448-494 aa PF01535 PPR 463-493 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781394.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 54 70 5.9e-77 249.4 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 187 229 1.7e-121 396.9 PPR repeat family
XP_057781394.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 188 212 5.9e-77 249.4 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 198 252 4.8e-30 104.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057781394.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 209 260 3.5e-59 197.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781394.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 212 244 3.5e-103 337.7 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 216 263 1.7e-121 396.9 PPR repeat family
XP_057781394.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 219 246 5.9e-77 249.4 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 248 279 3.5e-103 337.7 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 248 297 3.5e-59 197.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781394.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 251 291 1.7e-121 396.9 PPR repeat family
XP_057781394.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 253 283 5.9e-77 249.4 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 281 310 3.5e-103 337.7 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 285 333 1.7e-121 396.9 PPR repeat family
XP_057781394.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 288 318 5.9e-77 249.4 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 310 365 3.5e-59 197.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781394.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 324 350 5.9e-77 249.4 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 327 369 1.7e-121 396.9 PPR repeat family
XP_057781394.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 343 400 3.5e-59 197.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781394.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 353 383 3.5e-103 337.7 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 355 404 1.7e-121 396.9 PPR repeat family
XP_057781394.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 359 388 5.9e-77 249.4 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 378 435 3.5e-59 197.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781394.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 386 417 3.5e-103 337.7 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 390 438 1.7e-121 396.9 PPR repeat family
XP_057781394.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 393 423 5.9e-77 249.4 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 404 494 4.8e-30 104.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057781394.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 414 470 3.5e-59 197.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781394.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 421 454 3.5e-103 337.7 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 425 473 1.7e-121 396.9 PPR repeat family
XP_057781394.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 429 458 5.9e-77 249.4 PPR repeat
XP_057781394.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 448 494 3.5e-59 197.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781394.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 463 493 5.9e-77 249.4 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925411.1
CTTTCTTCAAATCGAATCTCACAGTTGCCGCCCAACACTCTCCCTTTCTTCACATTAAAATCTCGCCGCCGATTAAGGATGATGAGCAGAAGAGCTGCTGTTTCTGCAGTCAATCTGATTCATGGAAGAGGATATCTCAATCGATGGTCGCATAAATCGGGTATTCTCTCTCCTGTATTCTCTCTCTTCTCTTCCAAGGCTTTTCAACCTAAGCAGCCCAGAATCGATTTCAGTTGTGTTAAAAAACTTGACGATGCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999772
ATGATGAGCAGAAGAGCTGCTGTTTCTGCAGTCAATCTGATTCATGGAAGAGGATATCTCAATCGATGGTCGCATAAATCGGGTATTCTCTCTCCTGTATTCTCTCTCTTCTCTTCCAAGGCTTTTCAACCTAAGCAGCCCAGAATCGATTTCAGTTGTGTTAAAAAACTTGACGATGCTATTGAATTGTTTCAAAAAATGAAGAGTATGCGGCTGGAGGCTCCTGTTTTCGTGTATAGTAAACTTATGAGTGTTAGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781394.1
MMSRRAAVSAVNLIHGRGYLNRWSHKSGILSPVFSLFSSKAFQPKQPRIDFSCVKKLDDAIELFQKMKSMRLEAPVFVYSKLMSVSVKIEQYYFALHVFDEMLRMSVPVDVYTMNIAVNCCCILKDINSSVAIMGFFFKNGYEPNVVTIGTLIKGFFMDDKEAEAVKLFEKVLDLNLCEPNGVMILHIIDGLCKVGQVMAAHEWLLRLESSGSRVDVWSYSALIDGFCKVGKMEEAVNVLENMRKQKISPDVVTYSSLID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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