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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000165

染色体: Chr08 坐标: 1115719-1120751 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000165
名称SmilChr08G000165
描述uncharacterized SmilChr08G000165
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1115719 - 1120751 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997018
GeneID130997018
locus_tag-
NCBI NameLOC130997018
原始查询SmilChr08G000165

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828827]; symbol=AT4G27190; hit=AT4G27190; species=arabidopsis; confidence=low
产物NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828827]; symbol=AT4G27190; hit=AT4G27190; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G27190 (AT4G27190)
NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828827]
identity=27.9; qcov=0.51; evalue=7.22e-47; confidence=low
RiceOs04g0470500
-
identity=24.6; qcov=0.524; evalue=3.21e-34; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0043531 (ADP binding)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF13855 (LRR_8); PF23247 (LRR_RPS2); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997018

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057778279.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057778279.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057778279.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778279.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778279.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1115794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B4,B5
Chr8:1115817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B128,C30,C38
Chr8:1115832 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B91
Chr8:1115833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr8:1115860 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 8 B109,B140,B48,B78,C17,C2,C31,C76
Chr8:1115862 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 3 A2,C31,C76
Chr8:1115862 A AGG 2bp_insertion CDS_variant 3 A2,C31,C76
Chr8:1115863 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 6 B109,B140,B48,B78,C17,C2
Chr8:1115865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B46,C23
Chr8:1115870 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 9 A2,B109,B140,B48,B78,C17,C2,C31,C76
Chr8:1115886 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B100,B64,B74,C36
Chr8:1115894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B34,B8,C11,C69,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778279.1
1671 aa
N
1
836
1671
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_8
LRR_14
LRR_RPS2
LRR_RPS2
LRR_14
LRR_RPS2
C
PF00931 NB-ARC 157-332 aa PF23559 WHD_DRP 419-477 aa PF13855 LRR_8 551-596 aa PF23598 LRR_14 563-721 aa PF23247 LRR_RPS2 810-899 aa PF23247 LRR_RPS2 856-961 aa PF23598 LRR_14 1227-1543 aa PF23247 LRR_RPS2 1560-1645 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778279.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 157 332 2.5e-14 54.0 NB-ARC domain
XP_057778279.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 419 477 5e-08 33.6 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057778279.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 551 596 1.1e-16 61.0 Leucine rich repeat
XP_057778279.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 563 721 3.2e-32 112.4 Leucine-rich repeat region
XP_057778279.1 Pfam PF23247 LRR_RPS2 Repeat 810 899 7.3e-39 134.0 Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats
XP_057778279.1 Pfam PF23247 LRR_RPS2 Repeat 856 961 7.3e-39 134.0 Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats
XP_057778279.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 1227 1543 3.2e-32 112.4 Leucine-rich repeat region
XP_057778279.1 Pfam PF23247 LRR_RPS2 Repeat 1560 1645 7.3e-39 134.0 Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922296.1
ATGTTTACAGCTAAAGGCCTTGTGCGGTACATAAAGGGTGAGCGCGAACACGGCAAGAAATTGGAACGACGAATAAGTCAGCTGATTCCAAATCTGGAGTTCTTACTGTCAGAGAAAAACAGAATTGATCAATCCACAGAGAAAACCGATTTTTACCAAGTGATGACGGAAGAAATCGCCGTCATCAATAACGACTGTATCGAGCTCCTCAGCAAGTACACAAAGCTCACCAAAAACGAACTGAGCCCAACAACTTCGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997018
ATGTTTACAGCTAAAGGCCTTGTGCGGTACATAAAGGGTGAGCGCGAACACGGCAAGAAATTGGAACGACGAATAAGTCAGCTGATTCCAAATCTGGAGTTCTTACTGTCAGAGAAAAACAGAATTGATCAATCCACAGAGAAAACCGATTTTTACCAAGTGATGACGGAAGAAATCGCCGTCATCAATAACGACTGTATCGAGCTCCTCAGCAAGTACACAAAGCTCACCAAAAACGAACTGAGCCCAACAACTTCGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778279.1
MFTAKGLVRYIKGEREHGKKLERRISQLIPNLEFLLSEKNRIDQSTEKTDFYQVMTEEIAVINNDCIELLSKYTKLTKNELSPTTSSLSIEMLNDVKSNAQTFKFRKLAKLSRDVAKLNKRASDAAVKLRPEHMIQKKARPNREKLDEDANALPVFDKYVDEIMEYLFDDEAYNFVGIHGREGAGKTTVLRKLYNRLLEESLSGDEEGLKLDHIIRIDYPPVSETEEDKNIVEILQQEIMEQLEIPHEGSKSIVRNANTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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