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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000171

染色体: Chr08 坐标: 1175493-1177472 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000171
名称SmilChr08G000171
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1175493 - 1177472 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997019
GeneID130997019
locus_tag-
NCBI NameLOC130997019
原始查询SmilChr08G000171

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=40.9; qcov=0.968; evalue=6.38e-137; confidence=medium
RiceOs11g0568800
-
identity=43.1; qcov=0.992; evalue=1.42e-156; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997019

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057778280.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778280.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778280.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778280.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778280.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1175504 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C77
Chr8:1175504 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr8:1175505 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B115,C57
Chr8:1175505 AC A 1bp_deletion CDS_variant 2 B115,C57
Chr8:1175518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C24,C70,D1
Chr8:1175523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr8:1175535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B20,B69,D7,D8
Chr8:1175577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,D7,D8
Chr8:1175604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:1175618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr8:1175628 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 21 A11,A20,A4,A9,B1,B110,B12,B128,B24,B33,B34,B45,B53,B59,B67,B9,B97,B98,C39,C53,C60
Chr8:1175650 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778280.1
659 aa
N
1
330
659
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 29-67 aa PF00560 LRR_1 99-120 aa PF00560 LRR_1 147-166 aa PF00560 LRR_1 170-192 aa PF00560 LRR_1 267-289 aa PF00560 LRR_1 437-459 aa PF00560 LRR_1 461-480 aa PF00560 LRR_1 490-509 aa PF00560 LRR_1 536-557 aa PF13855 LRR_8 536-593 aa PF00560 LRR_1 560-581 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778280.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 29 67 1.3e-11 45.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057778280.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 99 120 1.7e-40 128.9 Leucine Rich Repeat
XP_057778280.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 147 166 1.7e-40 128.9 Leucine Rich Repeat
XP_057778280.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 170 192 1.7e-40 128.9 Leucine Rich Repeat
XP_057778280.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 267 289 1.7e-40 128.9 Leucine Rich Repeat
XP_057778280.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 437 459 1.7e-40 128.9 Leucine Rich Repeat
XP_057778280.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 461 480 1.7e-40 128.9 Leucine Rich Repeat
XP_057778280.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 490 509 1.7e-40 128.9 Leucine Rich Repeat
XP_057778280.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 536 557 1.7e-40 128.9 Leucine Rich Repeat
XP_057778280.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 536 593 5e-32 110.2 Leucine rich repeat
XP_057778280.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 560 581 1.7e-40 128.9 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922297.1
ATGGCAAATCTCATCACTCTCCTCCCTCTCTTCATATTTTTCTCTCTTATCATCTCACCACCACCAGCAACATCCTTCAACAACCACACCGATTTTCTCTCGCTGCTCGCCTTCAAATCCGCCATCGATCTCGACCCACTCGGAGCTCTAGCTTCATGGAACCAGACGACGCATTTCTGCGAGTGGAACGGGATCCGATGCGGCCGGAGACATCCCGACCGAGTGGTGGGGATAAACTTGATGTCCCAAGCACTGGTTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997019
ATGGCAAATCTCATCACTCTCCTCCCTCTCTTCATATTTTTCTCTCTTATCATCTCACCACCACCAGCAACATCCTTCAACAACCACACCGATTTTCTCTCGCTGCTCGCCTTCAAATCCGCCATCGATCTCGACCCACTCGGAGCTCTAGCTTCATGGAACCAGACGACGCATTTCTGCGAGTGGAACGGGATCCGATGCGGCCGGAGACATCCCGACCGAGTGGTGGGGATAAACTTGATGTCCCAAGCACTGGTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778280.1
MANLITLLPLFIFFSLIISPPPATSFNNHTDFLSLLAFKSAIDLDPLGALASWNQTTHFCEWNGIRCGRRHPDRVVGINLMSQALVGSLSPHIGNLSLLKSISLHNNSFHGTIPQQLGHLRKLRNLGLSNNSFNGPIHQNLSRCSDLVYLDLYNNALSGYIPPELELLQKLELLALSMNRLSGPFPPSLGNLTSLEKISLAVCQFHGEIPESFTRLKSLKFLQFAANNLTGTIPIGLFNMSQLFHFAVDTNHLQGTIPSY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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