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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000174

染色体: Chr08 坐标: 1188592-1197568 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000174
名称SmilChr08G000174
描述endochitinase A-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1188592 - 1197568 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999792
GeneID130999792
locus_tag-
NCBI NameLOC130999792
原始查询SmilChr08G000174

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述endochitinase A-like
产物endochitinase A-like
ArabidopsisAT3G54420 (EP3)
homolog of carrot EP3-3 chitinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824608]
identity=62.5; qcov=0.908; evalue=1.7e-89; confidence=high
RiceOs04g0493400 (Cht4(t)*(Chi4))
-
identity=61.4; qcov=1.02; evalue=2.62e-97; confidence=high
GOGO:0004568 (chitinase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0006032 (chitin catabolic process); GO:0008061 (chitin binding); GO:0016998 (cell wall macromolecule catabolic process)
KEGGsmil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00182 (Glyco_hydro_19); PF00187 (Chitin_bind_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999792

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057781415.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057781418.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781415.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781415.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781415.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1188668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B136,B140,B2
Chr8:1188687 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C49,C87
Chr8:1188688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B74
Chr8:1188694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,C5,C51
Chr8:1188709 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B112,B24,B74,D7
Chr8:1188712 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr8:1188722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C25
Chr8:1188730 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B55,C21
Chr8:1188730 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B55,C21
Chr8:1188736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B102,B42,B43
Chr8:1188755 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B74,C75
Chr8:1188756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781415.1
263 aa
N
1
132
263
Chitin_bind_1
Glyco_hydro_19
C
PF00187 Chitin_bind_1 25-56 aa PF00182 Glyco_hydro_19 68-263 aa
XP_057781416.1
263 aa
N
1
132
263
Chitin_bind_1
Glyco_hydro_19
C
PF00187 Chitin_bind_1 24-56 aa PF00182 Glyco_hydro_19 68-263 aa
XP_057781417.1
263 aa
N
1
132
263
Chitin_bind_1
Glyco_hydro_19
C
PF00187 Chitin_bind_1 24-56 aa PF00182 Glyco_hydro_19 68-263 aa
XP_057781418.1
229 aa
N
1
114
229
Glyco_hydro_19
C
PF00182 Glyco_hydro_19 34-229 aa
XP_057781419.1
229 aa
N
1
114
229
Glyco_hydro_19
C
PF00182 Glyco_hydro_19 34-229 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781415.1 Pfam PF00187 Chitin_bind_1 Domain 25 56 5.6e-09 36.8 Chitin recognition protein
XP_057781415.1 Pfam PF00182 Glyco_hydro_19 Domain 68 263 5.3e-49 167.8 Chitinase class I
XP_057781416.1 Pfam PF00187 Chitin_bind_1 Domain 24 56 4.5e-09 37.1 Chitin recognition protein
XP_057781416.1 Pfam PF00182 Glyco_hydro_19 Domain 68 263 5.4e-49 167.8 Chitinase class I
XP_057781417.1 Pfam PF00187 Chitin_bind_1 Domain 24 56 4.5e-09 37.1 Chitin recognition protein
XP_057781417.1 Pfam PF00182 Glyco_hydro_19 Domain 68 263 5.4e-49 167.8 Chitinase class I
XP_057781418.1 Pfam PF00182 Glyco_hydro_19 Domain 34 229 5.9e-50 171.0 Chitinase class I
XP_057781419.1 Pfam PF00182 Glyco_hydro_19 Domain 34 229 5.9e-50 171.0 Chitinase class I

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925433.1
ACCCATAAATCCCCACATTATTTCTCAACACCAACACAATATTTTCTCACTACTCTTAGCTATCTCCAAAATGAACCATTCCCTCACTATCTACGCCCTTCTCGCTCTCCTCCTAGCCACCGGAAAATACGTCTCCGGCCAGAACTGCGGCTGCGCTCCCAACCTATGCTGCAGCCAATACGGCTACTGCGGCACCACCAACGATTATTGTGGGCCCGGCTGCCGTTCGGGGCCGTGCACCGGTTCGTCGGGAGGGAATA...
XM_057925434.1
AATCCCCACATTATTTCTCAACACCAACACAATATTTTCTCACTACTCTTAGCTATCTCCAAAATGAACCATTCCCTCACTATCTACGCCCTTCTCGCTCTCCTCCTAGCCACCGGAAAATACGTCTCCGGCCAAAACTGCGGCTGCGCTCCCAACCTATGCTGCAGCCAATACGGCTACTGCGGCACCACCAACGATTATTGTGGGCCCGGCTGCCGTTCGGGGCCGTGCACCGGTTCGTCGGGAGGGAATACAGTTGC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130999792
ATGAACCATTCCCTCACTATCTACGCCCTTCTCGCTCTCCTCCTAGCCACCGGAAAATACGTCTCCGGCCAAAACTGCGGCTGCGCTCCCAACCTATGCTGCAGCCAATACGGCTACTGCGGCACCACCAACGATTATTGTGGGCCCGGCTGCCGTTCGGGGCCGTGCACCGGTTCGTCGGGAGGGAATACAGTTGCTAGTATAGTGACGGATAATTTCTTCAATGGAATTGCTAATCAGGCGCCGGCGGGCTGCGCCGG...
LOC130999792
ATGAACCATTCCCTCACTATCTACGCCCTTCTCGCTCTCCTCCTAGCCACCGGAAAATACGTCTCCGGCCAGAACTGCGGCTGCGCTCCCAACCTATGCTGCAGCCAATACGGCTACTGCGGCACCACCAACGATTATTGTGGGCCCGGCTGCCGTTCGGGGCCGTGCACCGGTTCGTCGGGAGGGAATACAGTTGCTAGTATAGTGACGGATAATTTCTTCAATGGAATTGCTAATCAGGCGCCGGCGGGCTGCGCCGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057781415.1
MKHSLTIYTLLALLLATGNYVSGQNCGCAPNLCCSQYGYCGTTNDYCGPGCRSGPCTGSSGGNTVASIVTDNFFNGIANQAPAGCAGKGFYTRAAFLQAIQPYPTFGTAAYSKQEIAAFFAHVTHETGHLCYTREINQANSYCDSTNTQWPCTPGQKYFGRGPLQISYNYNYGPAGQAIGFDGLNNPDIVATNPAISFKTALWFWMNNVHSIITSGQGFGATIRAINSIECNGANPTAVTARVNYYTSYCSQLGVDPGPN...
XP_057781416.1
MNHSLTIYALLALLLATGKYVSGQNCGCAPNLCCSQYGYCGTTNDYCGPGCRSGPCTGSSGGNTVASIVTDNFFNGIANQAPAGCAGKGFYTRAAFLQAIQPYPTFGTAAYSKQEIAAFFAHVTHETGHLCYTREINQANSYCDSTNTQWPCTPGQKYFGRGPLQISYNYNYGPAGQAIGFDGLNNPDIVATNPAISFKTALWFWMNNVHSIITSGQGFGATIRAINSIECNGANPTAVTARVNYYTSYCSQLGVDPGPN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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