当前解析结果
SmilChr08G000185| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000185 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000185 |
| 描述 | chromatin modification-related protein eaf6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 1253131 - 1255928 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999799 |
|---|---|
| GeneID | 130999799 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999799 |
| 原始查询 | SmilChr08G000185 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | chromatin modification-related protein eaf6-like |
| 产物 | chromatin modification-related protein eaf6-like |
| Arabidopsis | AT4G14385 (AT4G14385)histone acetyltransferase subunit NuA4-domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827083] identity=68.1; qcov=0.885; evalue=6.95e-50; confidence=medium |
| Rice | Os12g0298600- identity=58.3; qcov=0.923; evalue=3.26e-52; confidence=high |
| GO | GO:0000123 (histone acetyltransferase complex); GO:0016573 (GO:0016573) |
| KEGG | smil03082 (ATP-dependent chromatin remodeling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF09340 (NuA4) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999799 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057781427.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057781427.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781427.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781427.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057781427.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:1253544 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,C75 |
Chr8:1253882 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C52,C59 |
Chr8:1254911 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,B83 |
Chr8:1255075 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,C19 |
Chr8:1255627 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B102,B99 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781427.1PF09340
NuA4 16-92 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781427.1 |
Pfam | PF09340 |
NuA4 | Family | 16 | 92 | 4.7e-27 | 94.3 | Histone acetyltransferase subunit NuA4 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。