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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000191

染色体: Chr08 坐标: 1284069-1287980 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000191
名称SmilChr08G000191
描述11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1284069 - 1287980 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999802
GeneID130999802
locus_tag-
NCBI NameLOC130999802
原始查询SmilChr08G000191

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like
产物11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like
ArabidopsisAT5G44120 (CRA1)
RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834435]
identity=42.9; qcov=0.877; evalue=1.99e-117; confidence=medium
RiceOs01g0762500 (Glua1*)
-
identity=43.7; qcov=0.947; evalue=6.87e-131; confidence=medium
GOGO:0045735 (nutrient reservoir activity)
KEGG-
PfamPF00190 (Cupin_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999802

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057781429.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057781429.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057781429.1
4 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 0.20000 XP_057781429.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781429.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1284118 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B57,B67
Chr8:1284121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr8:1284211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B5,B79,B99,D3
Chr8:1284214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:1284219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr8:1284225 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr8:1284248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C72
Chr8:1284326 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr8:1284329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B26,B76
Chr8:1284332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B113,B140,B75,C71
Chr8:1284335 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr8:1284358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781429.1
505 aa
N
1
252
505
Cupin_1
Cupin_1
C
PF00190 Cupin_1 59-203 aa PF00190 Cupin_1 315-464 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781429.1 Pfam PF00190 Cupin_1 Domain 59 203 1.2e-70 236.6 Cupin
XP_057781429.1 Pfam PF00190 Cupin_1 Domain 315 464 1.2e-70 236.6 Cupin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925446.1
ATGGCTCCCACTCTCTCACTCTCTCTCATCACTGCCTTCCTCCTCTTCACCACCTCCTCCGCCCTCGTCCCCGGCGGCGAGCAGCAGCAAGAAGACTCGCTGTGGCAGAACCTGCGCCACCAGCAGCAGCACCGCCTCCGCGCCCGCACCGACTGCCGGGTCGATAGGCTCACCGCCCAGGAGCCGACCCTCCGGTTCGACTCCGAGGCGGGGCGGACCGAGTTCTGGGACCGGAACAACCAGCAGTTCGAGTGCGCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999802
ATGGCTCCCACTCTCTCACTCTCTCTCATCACTGCCTTCCTCCTCTTCACCACCTCCTCCGCCCTCGTCCCCGGCGGCGAGCAGCAGCAAGAAGACTCGCTGTGGCAGAACCTGCGCCACCAGCAGCAGCACCGCCTCCGCGCCCGCACCGACTGCCGGGTCGATAGGCTCACCGCCCAGGAGCCGACCCTCCGGTTCGACTCCGAGGCGGGGCGGACCGAGTTCTGGGACCGGAACAACCAGCAGTTCGAGTGCGCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781429.1
MAPTLSLSLITAFLLFTTSSALVPGGEQQQEDSLWQNLRHQQQHRLRARTDCRVDRLTAQEPTLRFDSEAGRTEFWDRNNQQFECAGVAAVRNYIKPRGLLLPHYNNAPQLLYVVRGRGLLGVVIPGCAETFETEMRQRDHDRSRSFVDRHQKVRQFRQGDVIALPAGFTLWFYNNGDERLETVALLDTGNQINQLDHTFRNFFLAGKPRGEAQGSESYRSRRRGESEQSERDNIFNPFDDELLAEIFNVDIETARKLKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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