Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000192`

染色体: Chr08 坐标: 1290968-1293591 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000192`
名称	SmilChr08G000192
描述	11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	1290968 - 1293591 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999805`
GeneID	`130999805`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999805`
原始查询	`SmilChr08G000192`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like
产物	11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like
Arabidopsis	`AT5G44120` (CRA1) RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834435] identity=41.5; qcov=0.996; evalue=1.64e-118; confidence=medium
Rice	`Os10g0400200` (Glua2*) - identity=44.3; qcov=1.02; evalue=3.56e-133; confidence=medium
GO	GO:0045735 (nutrient reservoir activity)
KEGG	-
Pfam	PF00190 (Cupin_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999805

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057781437.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057781437.1`
3	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057781437.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781437.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781437.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:1291100`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C71
`Chr8:1291100`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C71
`Chr8:1291197`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B11,B133,B86
`Chr8:1291213`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr8:1291218`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,C1
`Chr8:1291308`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr8:1291965`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B26
`Chr8:1292010`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B29,C43
`Chr8:1292024`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C23,C79
`Chr8:1292027`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B46,B58,B83,C30
`Chr8:1292034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B132,B56,B93,C35,C43
`Chr8:1292035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B133

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781437.1

477 aa

238

477

Cupin_1

PF00190 Cupin_1 54-194 aa PF00190 Cupin_1 311-457 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781437.1`	Pfam	`PF00190`	Cupin_1	Domain	54	194	9.6e-63	211.0	Cupin
`XP_057781437.1`	Pfam	`PF00190`	Cupin_1	Domain	311	457	9.6e-63	211.0	Cupin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925454.1
TCTCTCTCTCTCTAGCAGCCATGGCTAACATAGCTATCTCCCTCTCTCTCTGCGTGAGCCTCCTCTTCCTCTTCCATGGCTGCCTTGCTCAGCAGCAGCAGCAGTTCTGGCAGCGCATGCAGTCGCAGCAGCAACACCGCTTCCGCGCCAAGACCCAATGCCAAATCCAGCAGCTCTCCGCCCGCGAGCCCACCTTCCGCTTCCAGTCGGAAGCCGGCGTCAGCGAGTACTGGGACGCCTCCAACGACGAGTTCGAGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999805
ATGGCTAACATAGCTATCTCCCTCTCTCTCTGCGTGAGCCTCCTCTTCCTCTTCCATGGCTGCCTTGCTCAGCAGCAGCAGCAGTTCTGGCAGCGCATGCAGTCGCAGCAGCAACACCGCTTCCGCGCCAAGACCCAATGCCAAATCCAGCAGCTCTCCGCCCGCGAGCCCACCTTCCGCTTCCAGTCGGAAGCCGGCGTCAGCGAGTACTGGGACGCCTCCAACGACGAGTTCGAGTGCGCCGGCATCGAGTTCGTCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781437.1
MANIAISLSLCVSLLFLFHGCLAQQQQQFWQRMQSQQQHRFRAKTQCQIQQLSAREPTFRFQSEAGVSEYWDASNDEFECAGIEFVRHQVQPKGLVLPFYTNAPRLTFIVEGSGILGTVIPGCAETYESEESGSSSRYSGEEGRRGDRHQKLRRFRRGDVIALPEGITTFVYNDGDAPLTYVSMMDIGNDNNQLDFKFRKFLLAGNPESIDRPQGEGRYMRRRGEKEAQETRNVFYGFDEELLAEAFNADPELMRKLQGR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器