Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000199`

染色体: Chr08 坐标: 1332625-1336092 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000199`
名称	SmilChr08G000199
描述	putative disease resistance protein RGA3
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	1332625 - 1336092 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997024`
GeneID	`130997024`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997024`
原始查询	`SmilChr08G000199`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative disease resistance protein RGA3
产物	putative disease resistance protein RGA3
Arabidopsis	`AT3G14470` (AT3G14470) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820670] identity=30.5; qcov=0.869; evalue=1.09e-113; confidence=low
Rice	`Os05g0492200` (YR1) - identity=32.4; qcov=1.01; evalue=1.79e-131; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF18052 (Rx_N); PF23247 (LRR_RPS2); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14); PF25019 (LRR_R13L1-DRL21)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997024

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057778286.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057778286.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778286.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778286.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778286.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:1332631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B34
`Chr8:1332631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr8:1332634`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B34
`Chr8:1332634`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B34
`Chr8:1332639`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B34
`Chr8:1332639`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B34
`Chr8:1332649`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	11	B121,B132,B28,B3,B36,B60,B66,C31,C62,D5,D6
`Chr8:1332650`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	11	B121,B132,B28,B3,B36,B60,B66,C31,C62,D5,D6
`Chr8:1332716`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C11
`Chr8:1332716`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C11
`Chr8:1332822`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr8:1332857`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778286.1

1155 aa

578

1155

Rx_N

NB-ARC

WHD_DRP

LRR_14

LRR_R13L1-DRL21

LRR_RPS2

PF18052 Rx_N 8-94 aa PF00931 NB-ARC 179-348 aa PF23559 WHD_DRP 429-500 aa PF23598 LRR_14 541-886 aa PF25019 LRR_R13L1-DRL21 671-804 aa PF23247 LRR_RPS2 849-975 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778286.1`	Pfam	`PF18052`	Rx_N	Domain	8	94	1.5e-19	70.6	Rx N-terminal domain
`XP_057778286.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	179	348	1.5e-34	119.8	NB-ARC domain
`XP_057778286.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	429	500	3.2e-24	85.5	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057778286.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	541	886	1.5e-37	129.9	Leucine-rich repeat region
`XP_057778286.1`	Pfam	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	Repeat	671	804	6.1e-45	152.9	R13L1/DRL21 LRRs
`XP_057778286.1`	Pfam	`PF23247`	LRR_RPS2	Repeat	849	975	3.1e-18	67.0	Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922303.1
ATGGAAGGAGGAGCTGCTGCTGCCGTTGAAGTTCTAGTTCAAAACCTCATCGACCTTTCCAAGAAAGAGATCTCTCAAATCCGAGGTCTCGACAAAGATGCAGCAAAGCTAGCTGGGAGTCTCGACGTGATCAAAAATTTCTTGAAGGATGCCGAGACGCGTGACATCACCAGCGATGCTGTCAAGAGCTGGTTGAAGAAGCTTGAAAACGAGGCGTTCGATGCTGACAATGTTTTGGATGAACTCAACTATCATATTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997024
ATGGAAGGAGGAGCTGCTGCTGCCGTTGAAGTTCTAGTTCAAAACCTCATCGACCTTTCCAAGAAAGAGATCTCTCAAATCCGAGGTCTCGACAAAGATGCAGCAAAGCTAGCTGGGAGTCTCGACGTGATCAAAAATTTCTTGAAGGATGCCGAGACGCGTGACATCACCAGCGATGCTGTCAAGAGCTGGTTGAAGAAGCTTGAAAACGAGGCGTTCGATGCTGACAATGTTTTGGATGAACTCAACTATCATATTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778286.1
MEGGAAAAVEVLVQNLIDLSKKEISQIRGLDKDAAKLAGSLDVIKNFLKDAETRDITSDAVKSWLKKLENEAFDADNVLDELNYHILSKKIKATKPMTAKVLSCFSSSFNSIARPRNMAVKIQEINENLESIKKEATELGLVAKLENEPTWVNTSIFETDSFTLDPIFIGREDVTSKIVEMLINGITTDERAVSILPIVGMGGLGKTTLTRKVFNRLKDESRFGSHLWVHVSPNFDAITLFKKILNNLTSCQVEIASRED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器