当前解析结果
SmilChr08G000200| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000200 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000200 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000200 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 1351189 - 1353066 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130997025 |
|---|---|
| GeneID | 130997025 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997025 |
| 原始查询 | SmilChr08G000200 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=38.3; qcov=0.416; evalue=3.76e-43; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24964 (DUF7769) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997025 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057778287.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057778287.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057778287.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057778287.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057778287.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:1351236 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B105,B134,B19,B66,C51 |
Chr8:1351245 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C60,D2 |
Chr8:1351290 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B17,B97,C29,C74 |
Chr8:1351292 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B17,B97,C29,C74 |
Chr8:1351302 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B112,B30,B4,B55,C58 |
Chr8:1351345 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B127,C20,C27,D8 |
Chr8:1351374 |
AAT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B88,B96,C66,C81,C86 |
Chr8:1351374 |
AAT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 5 | B88,B96,C66,C81,C86 |
Chr8:1351397 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,B134,B84 |
Chr8:1351405 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A19,B16,B86,C2,C51 |
Chr8:1351424 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr8:1351480 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 17 | A1,B1,B100,B123,B129,B130,B133,B138,B2,B23,B37,B53,B66,B7,C8,C83,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778287.1PF24964
DUF7769 6-60 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778287.1 |
Pfam | PF24964 |
DUF7769 | Domain | 6 | 60 | 2.4e-09 | 37.4 | Domain of unknown function (DUF7769) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。