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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000210

染色体: Chr08 坐标: 1434927-1437645 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000210
名称SmilChr08G000210
描述11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1434927 - 1437645 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999826
GeneID130999826
locus_tag-
NCBI NameLOC130999826
原始查询SmilChr08G000210

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like
产物11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like
ArabidopsisAT5G44120 (CRA1)
RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834435]
identity=41.7; qcov=0.996; evalue=4.93e-119; confidence=medium
RiceOs02g0242600 (OsGluBX)
-
identity=43; qcov=1.03; evalue=1.12e-131; confidence=medium
GOGO:0045735 (nutrient reservoir activity)
KEGG-
PfamPF00190 (Cupin_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999826

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057781477.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057781477.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057781477.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781477.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781477.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1435049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,C22
Chr8:1435087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:1435088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr8:1435171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C23,C79
Chr8:1435195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B137
Chr8:1435231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B54,B65,C4
Chr8:1435267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B31,B89,C73,C81
Chr8:1435279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B4,B68,C77
Chr8:1435284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B35,C12
Chr8:1435356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B15,B47
Chr8:1435375 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B104,B25,B35,C12
Chr8:1435404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B107,B111,B135,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781477.1
477 aa
N
1
238
477
Cupin_1
Cupin_1
C
PF00190 Cupin_1 54-194 aa PF00190 Cupin_1 311-457 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781477.1 Pfam PF00190 Cupin_1 Domain 54 194 4.8e-62 208.7 Cupin
XP_057781477.1 Pfam PF00190 Cupin_1 Domain 311 457 4.8e-62 208.7 Cupin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925494.1
CTCCTCTCACTTCCATCAACACAAACACACCTCTCTCTCTCTCTCGCAGCCATGGCTAACATAGCTATCTCCCTCTCTCTCTGCGTGAGCCTCCTCTTCCTCTTCCATGGCTGCCTTGCTCAGCAGCAGCAGCAGTTCTGGCAGCGCATGCAGTCGCAGCAGCAACACCGCTTCCGCGCCAAGACCCAATGCCAAATCCAGCAGCTCTCCGCCCGCGAGCCCACCTTCCGATTCCAGTCGGAGGCCGGCGTCAGCGAGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999826
ATGGCTAACATAGCTATCTCCCTCTCTCTCTGCGTGAGCCTCCTCTTCCTCTTCCATGGCTGCCTTGCTCAGCAGCAGCAGCAGTTCTGGCAGCGCATGCAGTCGCAGCAGCAACACCGCTTCCGCGCCAAGACCCAATGCCAAATCCAGCAGCTCTCCGCCCGCGAGCCCACCTTCCGATTCCAGTCGGAGGCCGGCGTCAGCGAGTACTGGGACGCCTCCAACGACGAGTTCGAGTGCGCCGGCATCGAGTTCGTCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781477.1
MANIAISLSLCVSLLFLFHGCLAQQQQQFWQRMQSQQQHRFRAKTQCQIQQLSAREPTFRFQSEAGVSEYWDASNDEFECAGIEFVRHQVKPKGLVLPFYVNAPRLTFIVEGSGVLGTVIPGCAETYESEESGSSSRYSGEEGRRGDHHQKLRRFRRGDVIALPEGITTFVYNDGDAPLTYVSMMDIGNDNNQLDFKFRKFLLAGNPESIERPRGEGTYMRRRGEKEGQETRNVFYGFDEELLAEAFNTDPELMRKLQGR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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