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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000212

染色体: Chr08 坐标: 1439522-1445120 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000212
名称SmilChr08G000212
描述PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1439522 - 1445120 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999811
GeneID130999811
locus_tag-
NCBI NameLOC130999811
原始查询SmilChr08G000212

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 1-like
产物PH%2C RCC1 and FYVE domains-containing protein 1-like
ArabidopsisAT4G14368 (AT4G14368)
Regulator of chromosome condensation (RCC1) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:7922506]
identity=60.8; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0700200 (OsSTA28)
-
identity=53.9; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00415 (RCC1); PF01363 (FYVE); PF08381 (BRX); PF13540 (RCC1_2); PF13713 (BRX_N); PF16457 (PH_12); PF25390 (WD40_RLD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999811

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057781444.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057781444.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057781444.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781444.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781444.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1440998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C75
Chr8:1441025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,B53,B82
Chr8:1441246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,C16,C33,C57
Chr8:1441399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B117,C77,D11,D4
Chr8:1441435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr8:1441439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr8:1441477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C12,C41,C50
Chr8:1441817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B78,B80,C48,C65
Chr8:1441823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B117
Chr8:1441898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B54,B65,C4
Chr8:1441931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,B57
Chr8:1442025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B45,B79,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781444.1
1062 aa
N
1
531
1062
PH_12
WD40_RLD
RCC1_2
RCC1
RCC1_2
RCC1
RCC1
RCC1
RCC1_2
RCC1
RCC1_2
RCC1
FYVE
BRX_N
BRX
C
PF16457 PH_12 11-118 aa PF25390 WD40_RLD 219-594 aa PF13540 RCC1_2 259-285 aa PF00415 RCC1 275-324 aa PF13540 RCC1_2 313-338 aa PF00415 RCC1 327-378 aa PF00415 RCC1 382-431 aa PF00415 RCC1 447-493 aa PF13540 RCC1_2 480-509 aa PF00415 RCC1 496-545 aa PF13540 RCC1_2 532-560 aa PF00415 RCC1 549-595 aa PF01363 FYVE 601-667 aa PF13713 BRX_N 860-893 aa PF08381 BRX 980-1034 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781444.1 Pfam PF16457 PH_12 Domain 11 118 6.8e-11 43.4 Pleckstrin homology domain
XP_057781444.1 Pfam PF25390 WD40_RLD Repeat 219 594 5.3e-80 270.2 RCC1-like domain
XP_057781444.1 Pfam PF13540 RCC1_2 Repeat 259 285 4.6e-37 125.6 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057781444.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 275 324 2.3e-86 284.9 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057781444.1 Pfam PF13540 RCC1_2 Repeat 313 338 4.6e-37 125.6 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057781444.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 327 378 2.3e-86 284.9 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057781444.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 382 431 2.3e-86 284.9 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057781444.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 447 493 2.3e-86 284.9 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057781444.1 Pfam PF13540 RCC1_2 Repeat 480 509 4.6e-37 125.6 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057781444.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 496 545 2.3e-86 284.9 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057781444.1 Pfam PF13540 RCC1_2 Repeat 532 560 4.6e-37 125.6 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057781444.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 549 595 2.3e-86 284.9 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057781444.1 Pfam PF01363 FYVE Domain 601 667 3.9e-15 56.4 FYVE zinc finger
XP_057781444.1 Pfam PF13713 BRX_N Domain 860 893 5.5e-06 26.7 Transcription factor BRX N-terminal domain
XP_057781444.1 Pfam PF08381 BRX Domain 980 1034 3.7e-26 91.0 Transcription factor regulating root and shoot growth via Pin3

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925461.1
GCATCTCAATTCCCTCCACGCTTCAGCTGCCAACATTCTCCTCCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTGATGATCACCAAACTGTGCAAACGCCATGAATTCCTTGAAAATTCTCGAGTTCTTCTGATGATTCTCGGTGAATCTCACTGGCGCGCTACTAATTGGATCACTGTAGAACCTGCCGTTCAATCCAAGTCCCAACCAAGCATTTTCACATAAGCTGTATCCATTTCTAGGGATTTCATGATTATCCTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999811
ATGGCAGATCCTGCTAGCTTCGACATTGATCAGGCACTCATTTTGTTGAAGAAGGGAACACAGTTGATCAAGTATAGCAGAAAAGGGAAGCCTAAATTTTGTGCATTCAGACTTTCTACAGATGAAGCAACATTAATCTGGTATTCTCATGGATCAGAAAGGCAGCTAGCATTATCATCTGTTTCACGGATTATTCAAGGACAGAGAACTCCTGTTTTCAAAAGATTTTTGCGTCCGGAGAAGGAGTACTTGTCATTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781444.1
MADPASFDIDQALILLKKGTQLIKYSRKGKPKFCAFRLSTDEATLIWYSHGSERQLALSSVSRIIQGQRTPVFKRFLRPEKEYLSFSLIYNNGERSLDLICKDKVEAEIWLAGLKSLISTGQSRSRRTKSEVNDLHGGGDSSQDNRGFGALDCTPSVSRRVSTDSRDSNVSSSSSHVAYECANMQRTSCADGFRISVSSTPSCSSQSSGPDDIESLGDVFLWGEIWSDGGDTDVTGKPVPIKVDVLTPKPLETNIVLDVQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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