当前解析结果
SmilChr08G000221| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000221 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000221 |
| 描述 | nascent polypeptide-associated complex subunit beta-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 1500239 - 1502572 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999838 |
|---|---|
| GeneID | 130999838 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999838 |
| 原始查询 | SmilChr08G000221 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | nascent polypeptide-associated complex subunit beta-like |
| 产物 | nascent polypeptide-associated complex subunit beta-like |
| Arabidopsis | AT1G17880 (BTF3)basic transcription factor 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838367] identity=82.1; qcov=0.926; evalue=1.18e-88; confidence=high |
| Rice | Os03g0109600 (Osj3g1BTF3)- identity=81.5; qcov=0.926; evalue=3.75e-90; confidence=high |
| GO | GO:0005829 (cytosol); GO:0005854 (nascent polypeptide-associated complex); GO:0042788 (GO:0042788) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01849 (NAC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999838 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057781495.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057781495.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057781495.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057781495.1 |
| 5 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.20000 | XP_057781495.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:1501220 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B132,C31,C77 |
Chr8:1501250 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,C34 |
Chr8:1501443 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B29 |
Chr8:1501484 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:1501672 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B85,C47 |
Chr8:1501688 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | A10,B56,B96,C33,C45,C85 |
Chr8:1502126 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B86 |
Chr8:1502285 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B1,B4,B74,C51 |
Chr8:1502314 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B124 |
Chr8:1502321 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B125,B132,B20,C31,C77 |
Chr8:1502399 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B109,C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781495.1PF01849
NAC 36-91 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781495.1 |
Pfam | PF01849 |
NAC | Family | 36 | 91 | 2.2e-20 | 73.1 | NAC domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。