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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000221

染色体: Chr08 坐标: 1500239-1502572 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000221
名称SmilChr08G000221
描述nascent polypeptide-associated complex subunit beta-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1500239 - 1502572 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999838
GeneID130999838
locus_tag-
NCBI NameLOC130999838
原始查询SmilChr08G000221

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nascent polypeptide-associated complex subunit beta-like
产物nascent polypeptide-associated complex subunit beta-like
ArabidopsisAT1G17880 (BTF3)
basic transcription factor 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838367]
identity=82.1; qcov=0.926; evalue=1.18e-88; confidence=high
RiceOs03g0109600 (Osj3g1BTF3)
-
identity=81.5; qcov=0.926; evalue=3.75e-90; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0005854 (nascent polypeptide-associated complex); GO:0042788 (GO:0042788)
KEGG-
PfamPF01849 (NAC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999838

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057781495.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057781495.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057781495.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057781495.1
5 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057781495.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1501220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B132,C31,C77
Chr8:1501250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C34
Chr8:1501443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr8:1501484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:1501672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B85,C47
Chr8:1501688 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 6 A10,B56,B96,C33,C45,C85
Chr8:1502126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr8:1502285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B4,B74,C51
Chr8:1502314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr8:1502321 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B132,B20,C31,C77
Chr8:1502399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781495.1
163 aa
N
1
82
163
NAC
C
PF01849 NAC 36-91 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781495.1 Pfam PF01849 NAC Family 36 91 2.2e-20 73.1 NAC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925512.1
GTTAAACCTTAGAAATAGTTTATTTATAGTCCAAACACCCCTTAATTGAAGTTGGCGCTAGGGTTTTATTTCGTTATCCTCTCTTTGCCTCTTTGCGCTCACTCTCTCCCTCCACTCTTCTACTTCACATTTTTGCAGAGATGAATGTCGAAAAACTAATGAAGATGGCCGGTTCAGTCCGCACTGGTGGGAAGGGTACAATGAGAAGAAAGAAGAAGGCCGTGCACAAGACAACCACAACAGACGACAAGAGGCTTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999838
ATGAATGTCGAAAAACTAATGAAGATGGCCGGTTCAGTCCGCACTGGTGGGAAGGGTACAATGAGAAGAAAGAAGAAGGCCGTGCACAAGACAACCACAACAGACGACAAGAGGCTTCAAAGTACCTTAAAGAGAATAGGAGTGAATGCTATACCTGCAATTGAGGAAGTTAATATCTTCAAGGAAGATATAGTTATACAGTTCGTCAACCCCAAAGTCCAAGCATCTATTGCAGCCAACACCTGGGTCGTTAGTGGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781495.1
MNVEKLMKMAGSVRTGGKGTMRRKKKAVHKTTTTDDKRLQSTLKRIGVNAIPAIEEVNIFKEDIVIQFVNPKVQASIAANTWVVSGTPQNKKLQDILPQIIHQLGPDNLENLKKLAEQFQKQAPAAGSGTASGAAEDDDDDVPELVAGETFEAAAEEGHAPAS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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