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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000236

染色体: Chr08 坐标: 1613188-1617854 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000236
名称SmilChr08G000236
描述uncharacterized SmilChr08G000236
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1613188 - 1617854 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997036
GeneID130997036
locus_tag-
NCBI NameLOC130997036
原始查询SmilChr08G000236

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997036

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057778298.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057778298.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057778298.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778298.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778298.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1613852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,D3
Chr8:1613855 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B15,B48,C28,C38
Chr8:1613855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B48,C28,C38
Chr8:1613902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr8:1613929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:1613948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:1613968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B81
Chr8:1613985 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 63 A1,A10,A16,A18,A19,A2,A21,A4,A5,B100,B109,B11,B114,B117,B123,B126,B130,B132,B135,B137,B15,B20,B21,B24,B28,B38,B4,B41,B45,B52,B56,B59,B64,B73,B79,B82,B92,B97,C1,C11,C15,C19,C20,C29,C3,C30,C36,C37,C42,C5,C50,C54,C59,C6,C60,C61,C67,C72,C75,C79,D2,D8,D9
Chr8:1613990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A14,B27,B51,B89
Chr8:1614062 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr8:1614121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B14,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922315.1
ATGAAGCATGCCGGTCGTGACAGGTGGGAAGCAAAAGGGAAGGCAACGGCCGGCGGTGATGGCCGAGGAACCGCCGGATCGGCGGTAGCAGTGGGTAGTGGCGAGAATTCCGAGAGAGGAGGGGAAGAAAATGCGACCGGTTACCCGACTGCCGGCGGCTCCGTCAGCGTAGATGGCAGAGATGGCCGAAGATACAACAATTCGGCTGTTACCGGCGCCTTTGCCGGCGTTAATGGCCGAACAACCGAGAATTTTCATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997036
ATGAAGCATGCCGGTCGTGACAGGTGGGAAGCAAAAGGGAAGGCAACGGCCGGCGGTGATGGCCGAGGAACCGCCGGATCGGCGGTAGCAGTGGGTAGTGGCGAGAATTCCGAGAGAGGAGGGGAAGAAAATGCGACCGGTTACCCGACTGCCGGCGGCTCCGTCAGCGTAGATGGCAGAGATGGCCGAAGATACAACAATTCGGCTGTTACCGGCGCCTTTGCCGGCGTTAATGGCCGAACAACCGAGAATTTTCATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778298.1
MKHAGRDRWEAKGKATAGGDGRGTAGSAVAVGSGENSERGGEENATGYPTAGGSVSVDGRDGRRYNNSAVTGAFAGVNGRTTENFHEGGTKGEKVAWGIGQMEEKEWESVKGRQEAHDLGYQDGGDYWAWY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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