Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000263`

染色体: Chr08 坐标: 1805901-1812394 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000263`
名称	SmilChr08G000263
描述	protein unc-13 homolog
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	1805901 - 1812394 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999857`
GeneID	`130999857`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999857`
原始查询	`SmilChr08G000263`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein unc-13 homolog
产物	protein unc-13 homolog
Arabidopsis	`AT2G33420` (AT2G33420) - identity=57.8; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0138600` (OsSTA89) - identity=50.6; qcov=0.928; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF25761 (TPR_PATROL1); PF27629 (UNC13_3rd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999857

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057781519.1`
2	Clathrin-coated vesicle	Clathrin-coated vesicle	0.60000	`XP_057781519.1`
3	Endocytic vesicle	Endocytic vesicle	0.40000	`XP_057781519.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057781519.1`
5	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.40000	`XP_057781519.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:1806281`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,C31
`Chr8:1806317`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B40,B53,B82,C60
`Chr8:1806319`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr8:1806354`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C41,C42,C47,C6
`Chr8:1806401`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C58,C80
`Chr8:1806410`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B35,B70
`Chr8:1806443`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr8:1806453`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	A8,C34
`Chr8:1806453`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	A8,C34
`Chr8:1806512`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr8:1806521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,B70
`Chr8:1806536`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781519.1

993 aa

496

993

UNC13_3rd

TPR_PATROL1

PF27629 UNC13_3rd 314-414 aa PF25761 TPR_PATROL1 573-989 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781519.1`	Pfam	`PF27629`	UNC13_3rd	Domain	314	414	2.3e-27	96.3	UNC13 third domain
`XP_057781519.1`	Pfam	`PF25761`	TPR_PATROL1	Repeat	573	989	8e-162	539.5	PATROL1-like, TPR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925536.1
AAATCCTCTTCGCTTTCTCTCTCCCCCTCGCCCCCTCCCCTCTCTCTCTCCTCTTCTTTTGCACTAACTAAATCAACACTTTCTCTCTCCTTCGTCTCTGTCGTCTACGCAATCTTGCTTCGCTTGAAACGATAAAATCAAAAAATAAATTCAGATGACAAAAATTTGAGCATCAGCAGCTTCTTTTCCACCACCCTCCACCGCCCCATTACACACATCCGACGACGTCGTTTTTCTCTTGTCGGCGATGGCCCACCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999857
ATGGCCCACCACCCTCTCCCCTCGCTCGACGGGGTCTCGCCGTTCGGCAAGATCGACGGCCTCGACCGCGGCGACTTCCGGGAGGCGGCGTACGAGGTGTTCTTCACGGCGTGCCGCGCCTCCCCGGGGTTCGGGGGGCGGAGCGCGATCGCGTATCACAACAACGGCTACGAGGAGGCGGGGGACGGGCCCGGGTCGCCGAGGCGGCCCGGGGTCGGGATGGCGGTGACGAGCCGGGTGAAGAGGGCATTGGGGCTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781519.1
MAHHPLPSLDGVSPFGKIDGLDRGDFREAAYEVFFTACRASPGFGGRSAIAYHNNGYEEAGDGPGSPRRPGVGMAVTSRVKRALGLKMLRRSTSRRSNSCGSNPSSPGSAGSPRVSPSAAGVRRRPMTSAEIMRQQMWVTEQSDNRLRKTLMRTLVGQMGRRAETIILPLELLRHLKPSEFADAEEYHQWQKRQLKVLEAGLLLFPSIPLDKSDPSAEKLSAIIRSAEEGRPIDTGKNSETMRALCSSVVSLAWRSSDDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器