Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000269`

染色体: Chr08 坐标: 1840063-1842057 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000269`
名称	SmilChr08G000269
描述	putative disease resistance RPP13-like protein 1
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	1840063 - 1842057 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997049`
GeneID	`130997049`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997049`
原始查询	`SmilChr08G000269`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative disease resistance RPP13-like protein 1
产物	putative disease resistance RPP13-like protein 1
Arabidopsis	`AT3G14470` (AT3G14470) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820670] identity=33.1; qcov=0.938; evalue=3.21e-74; confidence=low
Rice	`Os05g0492200` (YR1) - identity=33.5; qcov=1.03; evalue=3e-78; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14); PF25019 (LRR_R13L1-DRL21)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997049

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057778311.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057778311.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057778311.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778311.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778311.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:1840087`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B38,D5
`Chr8:1840090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:1840097`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:1840118`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B2,B21,B28,B5,C23
`Chr8:1840119`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B126,B38,B7,D5
`Chr8:1840119`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B126,B38,B7,D5
`Chr8:1840126`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:1840178`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr8:1840180`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B38,B7,C12,C25,D5
`Chr8:1840190`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	6	B2,B20,B21,B28,B5,C23
`Chr8:1840235`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,B20,B21,B5
`Chr8:1840243`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,B20,B21,B5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778311.1

664 aa

332

664

WHD_DRP

LRR_14

LRR_R13L1-DRL21

PF23559 WHD_DRP 116-187 aa PF23598 LRR_14 224-521 aa PF25019 LRR_R13L1-DRL21 354-488 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778311.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	116	187	1.8e-24	86.2	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057778311.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	224	521	6.9e-34	117.9	Leucine-rich repeat region
`XP_057778311.1`	Pfam	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	Repeat	354	488	5.1e-36	124.1	R13L1/DRL21 LRRs

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922328.1
ATGAAGGTTGCTTCAATTGTGAATCCACATCATACACATGAGTTGGAAGGCTTATCAGGAGAAGATTGTTGGTCAATAATTAAAGAAAAAACATTTGGGAAAAAAGATGTTCCATCAGAATTTGAGACTATTGGGAGAAAAATTGCAAGAAGGTGTCAAGGTTTGCCATTAGCTGCCAACGTAGTTGGGGGAGTTCTGTGCAATGAACTTGAGGAAAAATGGCGTTCGATCGAGGAGAAATGGCTTTCAGCCGATGAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997049
ATGAAGGTTGCTTCAATTGTGAATCCACATCATACACATGAGTTGGAAGGCTTATCAGGAGAAGATTGTTGGTCAATAATTAAAGAAAAAACATTTGGGAAAAAAGATGTTCCATCAGAATTTGAGACTATTGGGAGAAAAATTGCAAGAAGGTGTCAAGGTTTGCCATTAGCTGCCAACGTAGTTGGGGGAGTTCTGTGCAATGAACTTGAGGAAAAATGGCGTTCGATCGAGGAGAAATGGCTTTCAGCCGATGAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778311.1
MKVASIVNPHHTHELEGLSGEDCWSIIKEKTFGKKDVPSEFETIGRKIARRCQGLPLAANVVGGVLCNELEEKWRSIEEKWLSADEGGENITKLLRLSFDNLSLPSLKKCFAYCAMFPKGSGIIKQELIEMWMAEGFLQADERDDMESVGEKFINVLLHNSLMQVSKRDDDGNVESCGMHDLVHDLACSVSSSSNSTGGSSRVRYMILEEDGSSHISKETAKSLRTLLIKSKGDISGINFSDYESLHVLRLDNGVEELSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器