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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000284

染色体: Chr08 坐标: 1936138-1938489 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000284
名称SmilChr08G000284
描述transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1936138 - 1938489 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999874
GeneID130999874
locus_tag-
NCBI NameLOC130999874
原始查询SmilChr08G000284

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial-like
产物transcription termination factor MTERF6%2C chloroplastic/mitochondrial-like
ArabidopsisAT4G38160 (pde191)
Mitochondrial transcription termination factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829972]
identity=63.2; qcov=0.988; evalue=5.14e-151; confidence=high
RiceOs08g0515800 (P0686C03.126)
-
identity=57.5; qcov=0.991; evalue=1.02e-135; confidence=high
GOGO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF02536 (mTERF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999874

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057781539.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057781539.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781539.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781539.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781539.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1937296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C85
Chr8:1937303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C41,C76
Chr8:1937334 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr8:1937425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,C32,C68
Chr8:1937436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C85
Chr8:1937462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:1937465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B133,B24,B78
Chr8:1937507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C47
Chr8:1937524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B31,C73
Chr8:1937606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr8:1937646 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 17 B124,B137,B14,B24,B36,B42,B43,B53,B71,C37,C40,C43,C49,C60,C62,C71,D5
Chr8:1937658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,C16,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781539.1
325 aa
N
1
162
325
mTERF
C
PF02536 mTERF 13-320 aa
XP_057781540.1
325 aa
N
1
162
325
mTERF
C
PF02536 mTERF 13-320 aa
XP_057781541.1
325 aa
N
1
162
325
mTERF
C
PF02536 mTERF 13-320 aa
XP_057781542.1
325 aa
N
1
162
325
mTERF
C
PF02536 mTERF 13-320 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781539.1 Pfam PF02536 mTERF Family 13 320 2.6e-56 191.6 mTERF
XP_057781540.1 Pfam PF02536 mTERF Family 13 320 2.6e-56 191.6 mTERF
XP_057781541.1 Pfam PF02536 mTERF Family 13 320 2.6e-56 191.6 mTERF
XP_057781542.1 Pfam PF02536 mTERF Family 13 320 2.6e-56 191.6 mTERF

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925556.1
TATTGTTGGTGGTGGATAAAGGGAAAGGATAAAATAAGGTAATCGTCCAGAATAGGGATAATCGTCGAGACTAGGGAAAGGAGGAGAACCTTACTCTCACTCCCACCGCGCACATCCACAACCATTACTTTCGGCTTGGCGTCGCCGCTTCCGCCACCTCCGCTTTAGAAAATCCGATAGGAATATGGACACAGGGTTCCAGGCTAGTGGCATTATGTGGTTCTTCAAAGACAGAGGTTTTGATGATAAAAGTATTCATG...
XM_057925559.1
TGGATAAAGGGAAAGGATAAAATAAGGTAATCGTCCAGAATAGGGATAATCGTCGAGACTAGGGAAAGGAGGAGAACCTTACTCTCACTCCCACCGCGCACATCCACAACCATTACTTTCGGCTTGGCGTCGCCGCTTCCGCCACCTCCGGAATATGGACACAGGGTTCCAGGCTAGTGGCATTATGTGGTTCTTCAAAGACAGAGGTTTTGATGATAAAAGTATTCATGATATGACCAAGAAGTGCAAGCGACTTGATG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130999874
ATGGACACAGGGTTCCAGGCTAGTGGCATTATGTGGTTCTTCAAAGACAGAGGTTTTGATGATAAAAGTATTCATGATATGACCAAGAAGTGCAAGCGACTTGATGATGTTGATAGGGAAAGGGCCTCAGAAACTTGGGAGTACTTGAAAAGCATAGGCATACCAGAGAGGAAACTTCCCGTGGTTATTGGAAAGTGTCCGAAGATTCTTACTCTTGACTTGCACGACAAACTTGTACCGATGATCCAGTGCCTTGCAAC...
LOC130999874
ATGGACACAGGGTTCCAGGCTAGTGGCATTATGTGGTTCTTCAAAGACAGAGGTTTTGATGATAAAAGTATTCATGATATGACCAAGAAGTGCAAGCGACTTGATGATGTTGATAGGGAAAGGGCCTCAGAAACTTGGGAGTACTTGAAAAGCATAGGCATACCAGAGAGGAAACTTCCCGTGGTTATTGGAAAGTGTCCGAAGATTCTTACTCTTGACTTGCACGACAAACTTGTACCGATGATCCAGTGCCTTGCAAC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057781539.1
MDTGFQASGIMWFFKDRGFDDKSIHDMTKKCKRLDDVDRERASETWEYLKSIGIPERKLPVVIGKCPKILTLDLHDKLVPMIQCLATLQTKPKEVASAITKFPHILVHSLEEKLCPLLAFFEGLGAPEKQLGKMILLNPRIISYSIESKLSQMVDFLAGLGLSKDGMIGKVLVKHPFIMGYSVEKRLGPTCEFMRSLGLTESQLQRTAINFPEILCRDVNKTLRPNVMYLESRGFSPSQIAAVVGGYPPVLIKSASNSLG...
XP_057781540.1
MDTGFQASGIMWFFKDRGFDDKSIHDMTKKCKRLDDVDRERASETWEYLKSIGIPERKLPVVIGKCPKILTLDLHDKLVPMIQCLATLQTKPKEVASAITKFPHILVHSLEEKLCPLLAFFEGLGAPEKQLGKMILLNPRIISYSIESKLSQMVDFLAGLGLSKDGMIGKVLVKHPFIMGYSVEKRLGPTCEFMRSLGLTESQLQRTAINFPEILCRDVNKTLRPNVMYLESRGFSPSQIAAVVGGYPPVLIKSASNSLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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