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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000285

染色体: Chr08 坐标: 1943001-1946640 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000285
名称SmilChr08G000285
描述probable transcription factor PosF21
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1943001 - 1946640 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999876
GeneID130999876
locus_tag-
NCBI NameLOC130999876
原始查询SmilChr08G000285

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable transcription factor PosF21
产物probable transcription factor PosF21
ArabidopsisAT1G06070 (AT1G06070)
Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837116]
identity=72.2; qcov=0.794; evalue=1.46e-164; confidence=high
RiceOs09g0516200 (RF2a)
-
identity=60.5; qcov=0.685; evalue=1.58e-103; confidence=high
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999876

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781544.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781544.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781544.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781544.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057781544.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1943770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C10
Chr8:1943785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B60,C13,C61,D10
Chr8:1943809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B120,C50
Chr8:1943825 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr8:1943826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B36,C19
Chr8:1943896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:1943945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr8:1944028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr8:1944100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B135,B25,C29
Chr8:1944169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,C79
Chr8:1944232 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 72 A14,A6,B1,B104,B106,B11,B112,B113,B118,B122,B124,B13,B131,B133,B134,B135,B14,B140,B15,B16,B21,B24,B25,B27,B28,B29,B33,B34,B36,B37,B4,B5,B52,B62,B64,B7,B70,B72,B76,B78,B80,B81,B88,B95,C1,C14,C17,C19,C2,C29,C3,C32,C33,C47,C58,C61,C63,C64,C65,C66,C68,C76,C77,C80,C82,C83,C84,C86,C87,D1,D4,D7
Chr8:1944238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B39,C24,C57,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781544.1
423 aa
N
1
212
423
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 221-272 aa PF00170 bZIP_1 223-271 aa
XP_057781545.1
423 aa
N
1
212
423
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 221-272 aa PF00170 bZIP_1 223-271 aa
XP_057781546.1
422 aa
N
1
211
422
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 221-272 aa PF00170 bZIP_1 223-277 aa
XP_057781547.1
422 aa
N
1
211
422
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 221-272 aa PF00170 bZIP_1 223-277 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781544.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 221 272 4.4e-06 27.4 Basic region leucine zipper
XP_057781544.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 223 271 1.5e-08 35.3 bZIP transcription factor
XP_057781545.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 221 272 4.4e-06 27.4 Basic region leucine zipper
XP_057781545.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 223 271 1.5e-08 35.3 bZIP transcription factor
XP_057781546.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 221 272 3.5e-06 27.7 Basic region leucine zipper
XP_057781546.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 223 277 8.1e-09 36.2 bZIP transcription factor
XP_057781547.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 221 272 3.5e-06 27.7 Basic region leucine zipper
XP_057781547.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 223 277 8.1e-09 36.2 bZIP transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925563.1
GGTTGAATCCTGCCCATATCAGCACGTCACTTCTATTAAATAATCGACCCCTTTTTATTATACACACACTGATAGACACATCTTTGTGTGTCTGTCTGTGTGTGTATATATGTGTATGTATATATTCATCGTCTCTTTGAAGCTTCCTAATCTTCTGACCATGTGAGATGTGATTTGTCTTCTCTATCTCTCATGTGAGAAAGCTGTTTTGGATTCCCCTCTTTTAGAGATCTAATCTCGACGGAGAAAAAACACGGAGC...
XM_057925564.1
GGTTGAATCCTGCCCATATCAGCACGTCACTTCTATTAAATAATCGACCCCTTTTTATTATACACACACTGATAGACACATCTTTGTGTGTCTGTCTGTGTGTGTATATATGTGTATGTATATATTCATCGTCTCTTTGAAGCTTCCTAATCTTCTGACCATGTGAGATGTGATTTGTCTTCTCTATCTCTCATGTGAGAAAGCTGTTTTGGATTCCCCTCTTTTAGAGATCTAATCTCGACGGAGAAAAAACACGGAGC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130999876
ATGATGGATAAGGATAAGTCTCACCATGGGAACATACTTCCGCCGTCGGGGAGGTACGCTGCTTTCTCGCCTCCGGGGAGTAGTTACAATGCGAAGTCGGAGCAAGCTGGTTTGTCGAGCTTGCCTCCGTTGGGGCCGGGCAGTTCATCGGAACAGGGTCATTTTGGTCATGGCTTGCCGTCGGATTCTAGACAGTTTAGTCATGATATAAGCCGCATGCCCGACAATCCACCGAAGAATATGGGTCACCGACGTGCTCA...
LOC130999876
ATGATGGATAAGGATAAGTCTCACCATGGGAACATACTTCCGCCGTCGGGGAGGTACGCTGCTTTCTCGCCTCCGGGGAGTAGTTACAATGCGAAGTCGGAGCAAGCTGGTTTGTCGAGCTTGCCTCCGTTGGGGCCGGGCAGTTCATCGGAACAGGGTCATTTTGGTCATGGCTTGCCGTCGGATTCTAGACAGTTTAGTCATGATATAAGCCGCATGCCCGACAATCCACCGAAGAATATGGGTCACCGACGTGCTCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057781544.1
MMDKDKSHHGNILPPSGRYAAFSPPGSSYNAKSEQAGLSSLPPLGPGSSSEQGHFGHGLPSDSRQFSHDISRMPDNPPKNMGHRRAHSEILTLPDDISFDSDLGVVGGLDGPSFSDDTEDDLLSMYLDMDKFNSTSATSSFQVGESSNAMAAEQGLSSGPLGAANQSLSDKPRIRHQHSQSMDGSTTIKPEMLMSGPEDPASADAKKAMSAAKLAELALIDPKRAKRIWANRQSAARSKERKMRYIAELERKVQTLQTEA...
XP_057781545.1
MMDKDKSHHGNILPPSGRYAAFSPPGSSYNAKSEQAGLSSLPPLGPGSSSEQGHFGHGLPSDSRQFSHDISRMPDNPPKNMGHRRAHSEILTLPDDISFDSDLGVVGGLDGPSFSDDTEDDLLSMYLDMDKFNSTSATSSFQVGESSNAMAAEQGLSSGPLGAANQSLSDKPRIRHQHSQSMDGSTTIKPEMLMSGPEDPASADAKKAMSAAKLAELALIDPKRAKRIWANRQSAARSKERKMRYIAELERKVQTLQTEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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