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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000305

染色体: Chr08 坐标: 2128346-2128750 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000305
名称SmilChr08G000305
描述histone chaperone ASF1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向2128346 - 2128750 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997053
GeneID130997053
locus_tag-
NCBI NameLOC130997053
原始查询SmilChr08G000305

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述histone chaperone ASF1-like
产物histone chaperone ASF1-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997053

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778315.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057778315.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778315.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778315.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778315.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:2128349 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 13 A14,B110,B114,B3,B50,B58,B66,B8,B95,B97,C19,C3,C72
Chr8:2128375 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 13 A14,B110,B114,B3,B50,B58,B66,B8,B95,B97,C19,C3,C72
Chr8:2128379 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 30 A5,A7,B106,B111,B112,B122,B130,B139,B140,B38,B39,B47,B57,B74,B8,B91,C10,C12,C15,C21,C31,C35,C37,C43,C61,C67,C71,C72,C77,D10
Chr8:2128382 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 29 A5,A7,B106,B111,B112,B122,B130,B139,B140,B38,B39,B47,B57,B8,B91,C10,C12,C15,C21,C31,C35,C37,C43,C61,C67,C71,C72,C77,D10
Chr8:2128393 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 25 A5,B106,B111,B122,B130,B140,B38,B39,B47,B57,B91,C10,C12,C15,C21,C31,C35,C37,C43,C61,C67,C71,C72,C77,D10
Chr8:2128394 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 25 A5,B106,B111,B122,B130,B140,B38,B39,B47,B57,B91,C10,C12,C15,C21,C31,C35,C37,C43,C61,C67,C71,C72,C77,D10
Chr8:2128409 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 10 A11,B135,B15,B20,B24,B56,C39,C41,C45,C86
Chr8:2128410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr8:2128416 T TGC 2bp_insertion frameshift_variant 16 A11,B108,B115,B122,B135,B15,B20,B24,B31,B56,C36,C39,C41,C45,C85,C86
Chr8:2128417 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 17 A11,B108,B115,B122,B135,B15,B20,B24,B31,B56,B97,C36,C39,C41,C45,C85,C86
Chr8:2128447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:2128456 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 24 A14,B106,B110,B114,B138,B14,B25,B3,B38,B50,B57,B58,B66,B8,B95,B97,C15,C19,C3,C31,C72,C77,D3,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922332.1
ATGGCTGCCCTTGATTGCAGTGAGTATGATTCTAAAGCCATGGCAGAGATGGGTGAGCTTCTGAAGAGCATGGAGGCAAGGCGACCTCAACTAGAGGCGCTAACGGGCTTGCTCGTTGGGAAGAACGACGACAGTGTAGTTGTTGACTCTGAAGAGAAGGATGATGACAAAAATTCCGACAACAATGTTGAAGACGAAGATAGTGAAACAGAGGATTCAGCAGCTGTGGAAGTTGAACCCAATCCCTGGAACAAGGGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997053
ATGGCTGCCCTTGATTGCAGTGAGTATGATTCTAAAGCCATGGCAGAGATGGGTGAGCTTCTGAAGAGCATGGAGGCAAGGCGACCTCAACTAGAGGCGCTAACGGGCTTGCTCGTTGGGAAGAACGACGACAGTGTAGTTGTTGACTCTGAAGAGAAGGATGATGACAAAAATTCCGACAACAATGTTGAAGACGAAGATAGTGAAACAGAGGATTCAGCAGCTGTGGAAGTTGAACCCAATCCCTGGAACAAGGGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778315.1
MAALDCSEYDSKAMAEMGELLKSMEARRPQLEALTGLLVGKNDDSVVVDSEEKDDDKNSDNNVEDEDSETEDSAAVEVEPNPWNKGKGKNEKKSNSKKGNSAAEEVETNLSKKGKGKNKNKNKLNKGKGSEKKR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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