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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000314

染色体: Chr08 坐标: 2202622-2208069 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000314
名称SmilChr08G000314
描述uncharacterized SmilChr08G000314
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向2202622 - 2208069 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999906
GeneID130999906
locus_tag-
NCBI NameLOC130999906
原始查询SmilChr08G000314

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825108]; symbol=AT3G59390; hit=AT3G59390; species=arabidopsis; confidence=high
产物glycosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825108]; symbol=AT3G59390; hit=AT3G59390; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G59390 (AT3G59390)
glycosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825108]
identity=67.6; qcov=0.93; evalue=7.5e-127; confidence=high
RiceOs11g0267100
-
identity=49.3; qcov=0.254; evalue=7.03e-18; confidence=weak
GOGO:0006487 (protein N-linked glycosylation); GO:0030144 (alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity); GO:2000640 (positive regulation of SREBP signaling pathway)
KEGG-
PfamPF10218 (SPRING1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999906

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057781582.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057781582.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781582.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781582.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781582.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:2202832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:2203635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr8:2203655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C28,C9
Chr8:2203670 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,B18
Chr8:2204642 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B72
Chr8:2204657 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr8:2204672 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr8:2204677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr8:2205082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B12,B98,D8
Chr8:2205115 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:2205788 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:2206603 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781582.1
272 aa
N
1
136
272
SPRING1
C
PF10218 SPRING1 36-155 aa
XP_057781583.1
272 aa
N
1
136
272
SPRING1
C
PF10218 SPRING1 36-155 aa
XP_057781584.1
272 aa
N
1
136
272
SPRING1
C
PF10218 SPRING1 36-155 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781582.1 Pfam PF10218 SPRING1 Family 36 155 1.6e-34 119.5 SREBP regulating gene protein
XP_057781583.1 Pfam PF10218 SPRING1 Family 36 155 1.6e-34 119.5 SREBP regulating gene protein
XP_057781584.1 Pfam PF10218 SPRING1 Family 36 155 1.6e-34 119.5 SREBP regulating gene protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925600.1
TCTCAAAAAAATTTTGAGTTACTTCATTTTCCATATTTTGTAATTTCAATTGAAATTTAATTTCATCGAAGAAATAGACAACCCAAAAATGCATCAGACAATTCGGCTTTCTGCAGCTCAGCTTCTACCAAGATGAAAACTTTCCCATTTTTGCTCTGTTAATTCGACTGTATCGATCCGCCCCACAACGTATAAATCCCCATGTTTGTTCATCCCTCGAGCTTTAATCTCATTTTACTATCTCTATTCATTCTTCAGTT...
XM_057925601.1
TCTCAAAAAAATTTTGAGTTACTTCATTTTCCATATTTTGTAATTTCAATTGAAATTTAATTTCATCGAAGAAATAGACAACCCAAAAATGCATCAGACAATTCGGCTTTCTGCAGCTCAGCTTCTACCAAGATGAAAACTTTCCCATTTTTGCTCTGTTAATTCGACTGTATCGATCCGCCCCACAACGTATAAATCCCCATGTTTGTTCATCCCTCGAGCTTTAATCTCATTTTACTATCTCTATTCATTCTTCAGTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130999906
ATGTTTGTTCATCCCTCGAGCTTTAATCTCATTTTACTATCTCTATTCATTCTTCAGTTTCCTCCACCAGCTACGGCCATCAGGAAGGATGTGAGCCTTCAGCTGAAACGGCATTGTAAAACCACGGTGCAAGGAAGATACTACCTCACTGATGATAATGGTTATGTATGTGATGCATTCTCGGTTGACCCAAGGTCCCGTTGTTGTCCAGGAAGAGGAGATCAGTTCTCTTGTCAGGGATGTAATATTGTTTCTCAGTG...
LOC130999906
ATGTTTGTTCATCCCTCGAGCTTTAATCTCATTTTACTATCTCTATTCATTCTTCAGTTTCCTCCACCAGCTACGGCCATCAGGAAGGATGTGAGCCTTCAGCTGAAACGGCATTGTAAAACCACGGTGCAAGGAAGATACTACCTCACTGATGATAATGGTTATGTATGTGATGCATTCTCGGTTGACCCAAGGTCCCGTTGTTGTCCAGGAAGAGGAGATCAGTTCTCTTGTCAGGGATGTAATATTGTTTCTCAGTG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057781582.1
MFVHPSSFNLILLSLFILQFPPPATAIRKDVSLQLKRHCKTTVQGRYYLTDDNGYVCDAFSVDPRSRCCPGRGDQFSCQGCNIVSQCCKSYEFCVSCCLNPGTTDKELAANIQIAKPVTAGTYGSIFDYCAGRCRHNSESVVHENAYLSEFHHCFSIPTNSSESSSTQLETRLAGINVVVGRQGESCDSVCKSNGESCVPNKLALLNQCEGIKKYMSCKGGCLSSVGADQPAEVVDDAPAYLNPGACLYTERQSTLSCDG...
XP_057781583.1
MFVHPSSFNLILLSLFILQFPPPATAIRKDVSLQLKRHCKTTVQGRYYLTDDNGYVCDAFSVDPRSRCCPGRGDQFSCQGCNIVSQCCKSYEFCVSCCLNPGTTDKELAANIQIAKPVTAGTYGSIFDYCAGRCRHNSESVVHENAYLSEFHHCFSIPTNSSESSSTQLETRLAGINVVVGRQGESCDSVCKSNGESCVPNKLALLNQCEGIKKYMSCKGGCLSSVGADQPAEVVDDAPAYLNPGACLYTERQSTLSCDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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