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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000326

染色体: Chr08 坐标: 2278565-2284949 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000326
名称SmilChr08G000326
描述kirola-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向2278565 - 2284949 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999916
GeneID130999916
locus_tag-
NCBI NameLOC130999916
原始查询SmilChr08G000326

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kirola-like
产物kirola-like
ArabidopsisAT1G70830 (MLP28)
MLP-like protein 28 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843420]
identity=46.6; qcov=0.974; evalue=2.39e-47; confidence=medium
RiceOs04g0465600
-
identity=28.2; qcov=0.816; evalue=2.12e-10; confidence=low
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00407 (Bet_v_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999916

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057781595.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057781595.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781595.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781595.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781595.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:2278778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,C8,C85
Chr8:2278863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr8:2278927 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 D7
Chr8:2278927 T TAA 2bp_insertion CDS_variant 1 D7
Chr8:2278933 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 5 A16,B139,B27,B63,C72
Chr8:2278933 A AT 1bp_insertion CDS_variant 5 A16,B139,B27,B63,C72
Chr8:2278944 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 3 B115,B68,B80
Chr8:2278944 T TG 1bp_insertion CDS_variant 3 B115,B68,B80
Chr8:2278958 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C20
Chr8:2278958 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr8:2278970 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 11 A10,B56,B61,B64,B90,B92,B96,C33,C45,C52,C85
Chr8:2284738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B13,B140,B98,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781595.1
152 aa
N
1
76
152
Bet_v_1
C
PF00407 Bet_v_1 4-151 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781595.1 Pfam PF00407 Bet_v_1 Domain 4 151 1e-37 130.1 Pathogenesis-related protein Bet v 1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925612.1
TTCTCACTACCCTTCTCTCTCTTTGTATATATACATATATATAATCAATATTAATAAAAGAGGGATATTTGGAGATGGGATTGCATGGCAAATTAATTGCAGCAATAGAATTCAAAGCTGGTGGAGATTTGTTCCATGAAATTTACATGCAAAAGCCGAATCAAGTTTCCATTGCTAGCCCTGATAAAGTACAAGGTTGTGATCTGCTTGAGGGTCAATTTGGTCAAGTTGGTGCCATTATTTACTGGACCTATACCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999916
ATGGGATTGCATGGCAAATTAATTGCAGCAATAGAATTCAAAGCTGGTGGAGATTTGTTCCATGAAATTTACATGCAAAAGCCGAATCAAGTTTCCATTGCTAGCCCTGATAAAGTACAAGGTTGTGATCTGCTTGAGGGTCAATTTGGTCAAGTTGGTGCCATTATTTACTGGACCTATACCCATGATGGGAAAGAGGAGACAGCGAAAGAGGTGATTCAATCCATTGATAAAGAGAAAAAAATGATTAAATTTAAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781595.1
MGLHGKLIAAIEFKAGGDLFHEIYMQKPNQVSIASPDKVQGCDLLEGQFGQVGAIIYWTYTHDGKEETAKEVIQSIDKEKKMIKFKVLEGDVMELYKDFVITLHVEDKGDIELVTWTLEYEMLNEEVGHPITILSYLIDVAKDIETHLMSNP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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