当前解析结果
SmilChr08G000328| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000328 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000328 |
| 描述 | kirola-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 2295831 - 2297034 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999918 |
|---|---|
| GeneID | 130999918 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999918 |
| 原始查询 | SmilChr08G000328 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | kirola-like |
| 产物 | kirola-like |
| Arabidopsis | AT1G70830 (MLP28)MLP-like protein 28 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843420] identity=48.7; qcov=1; evalue=9.78e-48; confidence=medium |
| Rice | Os04g0465600- identity=23.5; qcov=0.895; evalue=3.32e-10; confidence=weak |
| GO | GO:0006952 (defense response) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00407 (Bet_v_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999918 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057781598.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057781598.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781598.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781598.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781598.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:2296020 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | A11,B98 |
Chr8:2296020 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,B98 |
Chr8:2296080 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C11,C69 |
Chr8:2296080 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr8:2296087 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr8:2296195 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:2296220 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B51,B80 |
Chr8:2296220 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B51,B80 |
Chr8:2296222 |
A |
AGT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B80 |
Chr8:2296222 |
A |
AGT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr8:2296242 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr8:2296251 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | A6,B87,C27,C7,C71,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781598.1PF00407
Bet_v_1 4-148 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781598.1 |
Pfam | PF00407 |
Bet_v_1 | Domain | 4 | 148 | 4.4e-40 | 137.8 | Pathogenesis-related protein Bet v 1 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。