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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000328

染色体: Chr08 坐标: 2295831-2297034 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000328
名称SmilChr08G000328
描述kirola-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向2295831 - 2297034 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999918
GeneID130999918
locus_tag-
NCBI NameLOC130999918
原始查询SmilChr08G000328

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kirola-like
产物kirola-like
ArabidopsisAT1G70830 (MLP28)
MLP-like protein 28 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843420]
identity=48.7; qcov=1; evalue=9.78e-48; confidence=medium
RiceOs04g0465600
-
identity=23.5; qcov=0.895; evalue=3.32e-10; confidence=weak
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00407 (Bet_v_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999918

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057781598.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057781598.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781598.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781598.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781598.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:2296020 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 A11,B98
Chr8:2296020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B98
Chr8:2296080 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 C11,C69
Chr8:2296080 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 C11,C69
Chr8:2296087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr8:2296195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:2296220 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B51,B80
Chr8:2296220 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 B51,B80
Chr8:2296222 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B80
Chr8:2296222 A AGT 2bp_insertion CDS_variant 1 B80
Chr8:2296242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr8:2296251 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A6,B87,C27,C7,C71,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781598.1
152 aa
N
1
76
152
Bet_v_1
C
PF00407 Bet_v_1 4-148 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781598.1 Pfam PF00407 Bet_v_1 Domain 4 148 4.4e-40 137.8 Pathogenesis-related protein Bet v 1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925615.1
CACTCACACACACACATATACATATATATCTACATATATTAATCAAGCAATTAATTAATTAGGGAAATTTAGGAGATGGGTTTACATGGGAAGTTGATTGCAGCAATAGAATTCAAAGCTGGTGGGGATGTGTTTCATGAACTTTTCAGGTACAAGCCAGAGCATATTTCCAAAGCTACCCCTGATAAAGTGCATGGTTGTGATCTTCATGAGGGTCAATTTGGTCATGTTGGTTCCATCATTTGTTGGAGGTACACTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999918
ATGGGTTTACATGGGAAGTTGATTGCAGCAATAGAATTCAAAGCTGGTGGGGATGTGTTTCATGAACTTTTCAGGTACAAGCCAGAGCATATTTCCAAAGCTACCCCTGATAAAGTGCATGGTTGTGATCTTCATGAGGGTCAATTTGGTCATGTTGGTTCCATCATTTGTTGGAGGTACACTCATGATGGGAAAGAGAAGAGAGCAAAGCAAGTGATCCAATCGATTGATGAAGATAAAAAATTGATTGAATTCAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781598.1
MGLHGKLIAAIEFKAGGDVFHELFRYKPEHISKATPDKVHGCDLHEGQFGHVGSIICWRYTHDGKEKRAKQVIQSIDEDKKLIEFKMLEGELMELYKDFLITIHVETHGGIDLVTWTLEYEMLNEDVEHPITLLSFFIDITKDIETHHLGQP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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