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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000335`

染色体: Chr08 坐标: 2348034-2349860 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000335`
名称	SmilChr08G000335
描述	60S ribosomal protein L35a-3
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	2348034 - 2349860 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999925`
GeneID	`130999925`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999925`
原始查询	`SmilChr08G000335`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L35a-3
产物	60S ribosomal protein L35a-3
Arabidopsis	`AT1G74270` (AT1G74270) Ribosomal protein L35Ae family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843767] identity=93.8; qcov=1; evalue=2.75e-75; confidence=high
Rice	`Os02g0785800` - identity=84.8; qcov=1; evalue=2.04e-67; confidence=high
GO	GO:0002181 (cytoplasmic translation); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit); GO:0042273 (ribosomal large subunit biogenesis)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01247 (Ribosomal_L35Ae)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999925

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057781607.1`
2	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057781607.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781607.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781607.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781607.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:2349276`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B107,B25,C80
`Chr8:2349339`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B14,B44
`Chr8:2349354`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,C82
`Chr8:2349357`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B107,B25,C80
`Chr8:2349372`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr8:2349375`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	A4,A5,B18,B99,C70,D11,D9
`Chr8:2349563`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B3,C11,C69,C80,D2
`Chr8:2349709`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781607.1

112 aa

112

Ribosomal_L35Ae

PF01247 Ribosomal_L35Ae 12-106 aa

XP_057781608.1

112 aa

112

Ribosomal_L35Ae

PF01247 Ribosomal_L35Ae 12-106 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781607.1`	Pfam	`PF01247`	Ribosomal_L35Ae	Domain	12	106	2.5e-45	153.3	Ribosomal protein L35Ae
`XP_057781608.1`	Pfam	`PF01247`	Ribosomal_L35Ae	Domain	12	106	2.5e-45	153.3	Ribosomal protein L35Ae

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925624.1
AACAAAATCAACCCAAATCTACGGCTCACACAACTACATATAAACCCTCAATCTAGGGTTTCTGCGGCTCTGTCTCAGCATTTTCGACTCTCTCTCACACACTCGTAGCGGTCGGCCGAAGCTTACTCTCACACAGCGACAATGGTGAAAGGCCGCCAGGGGGAGCGCGTCAGGCTCTACGTCCGCGGGACTATATTGGGGTACAAGAGGTCGAAGTCGAATCAGTACCCAAACACGTCGTTGATTCAGATCGAGGGCGT...

XM_057925625.1
AAACCCTCAATCTAGGGTTTCTGCGGCTCTGTCTCAGCATTTTCGACTCTCTCTCACACACTCGTAGCGGTCGGCCGAAGCTTACTCTCACACAGCGACAATGGTGAAAGGCCGCCAGGGGGAGCGCGTCAGGCTCTACGTCCGCGGGACTATATTGGGGTACAAGAGGTCGAAGTCGAATCAGTACCCAAACACGTCGTTGATTCAGATCGAGGGCGTCAACACTCAAGAGGAGGTGGCGTGGTACCGCGGGAAGCGCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130999925
ATGGTGAAAGGCCGCCAGGGGGAGCGCGTCAGGCTCTACGTCCGCGGGACTATATTGGGGTACAAGAGGTCGAAGTCGAATCAGTACCCAAACACGTCGTTGATTCAGATCGAGGGCGTCAACACTCAAGAGGAGGTGGCGTGGTACCGCGGGAAGCGCATGGCGTACATTTACAAGGCCAAGGTGAAGAAGAACGGGTCTCACTACCGTTGCATTTGGGGAAAGGTCACGCGGCCGCATGGTAACAGCGGTGTTGTCCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057781607.1
MVKGRQGERVRLYVRGTILGYKRSKSNQYPNTSLIQIEGVNTQEEVAWYRGKRMAYIYKAKVKKNGSHYRCIWGKVTRPHGNSGVVRAKFKSNLPPKSMGARVRVMMYPSNI

XP_057781608.1
MVKGRQGERVRLYVRGTILGYKRSKSNQYPNTSLIQIEGVNTQEEVAWYRGKRMAYIYKAKVKKNGSHYRCIWGKVTRPHGNSGVVRAKFKSNLPPKSMGARVRVMMYPSNI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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