Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000344`

染色体: Chr08 坐标: 2390355-2391419 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000344`
名称	SmilChr08G000344
描述	double-strand break repair protein MRE11-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	2390355 - 2391419 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997059`
GeneID	`130997059`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997059`
原始查询	`SmilChr08G000344`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	double-strand break repair protein MRE11-like
产物	double-strand break repair protein MRE11-like
Arabidopsis	`AT5G54260` (MRE11) DNA repair and meiosis protein (Mre11) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835514] identity=86.4; qcov=0.858; evalue=8.38e-57; confidence=high
Rice	`Os04g0635900` (MRE11) - identity=75.7; qcov=0.858; evalue=1.39e-49; confidence=medium
GO	GO:0000723 (telomere maintenance); GO:0000724 (double-strand break repair via homologous recombination); GO:0004519 (endonuclease activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006303 (double-strand break repair via nonhomologous end joining); GO:0007095 (mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling); GO:0030145 (manganese ion binding); GO:0030870 (Mre11 complex); GO:0042138 (meiotic DNA double-strand break formation); GO:0097552 (mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination)
KEGG	-
Pfam	PF04152 (Mre11_DNA_bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997059

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778320.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057778320.1`
3	Nuclear body	核内小体	0.80000	`XP_057778320.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778320.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778320.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:2391371`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778320.1

120 aa

120

Mre11_DNA_bind

PF04152 Mre11_DNA_bind 37-103 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778320.1`	Pfam	`PF04152`	Mre11_DNA_bind	Domain	37	103	1.2e-12	49.0	Mre11 DNA-binding presumed domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922337.1
AGTACCAGGAATGGGTTTTCACATCACACAACCTGGTTCATCTGTTGCAACATCATTGATTGATGGTGAATCAAAGCCAAAACATGTGCTGCTTTTAGAGATCAAGGGGAATCAGTATCGGCCAACAAAGATACCTCTGAGTTCAGTGAGGCCATTTGAATACACAGAGGTGGTGCTGAAGGATGAGCCTGACATAGACTCGAATGATCATAATACAATTCTTGAACATTTGGATAAAGTGGTTAGAGATTTGATAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997059
ATGGGTTTTCACATCACACAACCTGGTTCATCTGTTGCAACATCATTGATTGATGGTGAATCAAAGCCAAAACATGTGCTGCTTTTAGAGATCAAGGGGAATCAGTATCGGCCAACAAAGATACCTCTGAGTTCAGTGAGGCCATTTGAATACACAGAGGTGGTGCTGAAGGATGAGCCTGACATAGACTCGAATGATCATAATACAATTCTTGAACATTTGGATAAAGTGGTTAGAGATTTGATAGAGAGGGCAAACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778320.1
MGFHITQPGSSVATSLIDGESKPKHVLLLEIKGNQYRPTKIPLSSVRPFEYTEVVLKDEPDIDSNDHNTILEHLDKVVRDLIERANQKAVKKQELKLPLVRIKDMLEMKQKQERLLLNFP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器