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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000347

染色体: Chr08 坐标: 2402369-2404641 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000347
名称SmilChr08G000347
描述protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向2402369 - 2404641 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999936
GeneID130999936
locus_tag-
NCBI NameLOC130999936
原始查询SmilChr08G000347

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like
产物protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like
ArabidopsisAT5G67150 (AT5G67150)
HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836850]
identity=37.9; qcov=1.03; evalue=1.93e-87; confidence=medium
RiceOs08g0111300
-
identity=35.5; qcov=1.07; evalue=4.74e-78; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF02458 (Transferase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999936

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057781625.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057781625.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781625.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781625.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781625.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:2403326 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 7 A10,A8,B13,B48,B89,B9,C56
Chr8:2403355 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C37
Chr8:2403355 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 C37
Chr8:2403400 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B120,C2
Chr8:2403400 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 B120,C2
Chr8:2403414 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B120,C2
Chr8:2403414 T TC 1bp_insertion CDS_variant 2 B120,C2
Chr8:2403420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr8:2403431 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 33 A23,A6,B106,B11,B114,B122,B123,B133,B19,B2,B21,B22,B33,B5,B66,B71,B74,B86,B97,C13,C21,C41,C47,C53,C57,C58,C64,C71,C76,D10,D11,D2,D5
Chr8:2403436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:2403444 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 12 A21,A5,B133,B28,B48,B66,B67,B8,B98,C16,C33,D7
Chr8:2403497 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 6 A10,A8,B140,B30,B48,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781625.1
434 aa
N
1
217
434
Transferase
C
PF02458 Transferase 4-427 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781625.1 Pfam PF02458 Transferase Family 4 427 1.8e-74 251.7 Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925642.1
TTGTATTCTACCAAAAATTCTTTTCTCTCACTCCCAATTTAGAGAATTTGAGAATGCCAAAAAAAGTAGAGCTGATTTCTTCATCTCTTGTTAGGGGCACTGCAACTGCTGCTTCAGTGTCAAGATTGGAGCTTAATCCATGGGATTTACGATTCCTCCCAATCTCCCCCATTCAAAGAGGCCTCATATTCCACAGCCCTCACTTCCAATCTCAACAAAACCTAATCCAACGCCTCCAAACCTCACTCTCCCGCGCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999936
ATGCCAAAAAAAGTAGAGCTGATTTCTTCATCTCTTGTTAGGGGCACTGCAACTGCTGCTTCAGTGTCAAGATTGGAGCTTAATCCATGGGATTTACGATTCCTCCCAATCTCCCCCATTCAAAGAGGCCTCATATTCCACAGCCCTCACTTCCAATCTCAACAAAACCTAATCCAACGCCTCCAAACCTCACTCTCCCGCGCTCTCGACTTCTTCCCTCCCCTCGCCGGCCGCCTCGCCGCCACCCCGCACGACGGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781625.1
MPKKVELISSSLVRGTATAASVSRLELNPWDLRFLPISPIQRGLIFHSPHFQSQQNLIQRLQTSLSRALDFFPPLAGRLAATPHDGDTASFHVDCDNAGAEFTHAVAAAVSISDIIEPTYLPEIVSSLIPINTGVTNYQGISKPLLAVQVTELADGVFIGCAANHAVVDGASFWHFLNSWSEISRGSESISKSPIFDRRNAAAGVDENRLIHIPTLEKNLKAPIPLLQQKLFHFSKETLGQLKAKANSEAGTDKISTLQA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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