Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000348`

染色体: Chr08 坐标: 2409367-2411063 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000348`
名称	SmilChr08G000348
描述	protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	2409367 - 2411063 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999938`
GeneID	`130999938`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999938`
原始查询	`SmilChr08G000348`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like
产物	protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like
Arabidopsis	`AT5G67160` (EPS1) HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836851] identity=37.7; qcov=1.01; evalue=6.05e-85; confidence=medium
Rice	`Os08g0111300` - identity=36.9; qcov=1.01; evalue=1.77e-77; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02458 (Transferase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999938

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057781626.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057781626.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781626.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781626.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781626.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:2409588`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B70
`Chr8:2409596`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,B98
`Chr8:2409605`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr8:2409617`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr8:2409618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B99,C75
`Chr8:2409632`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr8:2409639`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B24,B70
`Chr8:2409647`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B99,C75
`Chr8:2409650`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr8:2409706`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,C6
`Chr8:2409719`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B106,C21
`Chr8:2409719`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B106,C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781626.1

431 aa

216

431

Transferase

PF02458 Transferase 4-427 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781626.1`	Pfam	`PF02458`	Transferase	Family	4	427	5.7e-74	250.0	Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925643.1
AATTCGTGTCTTAATATTTTAACGAATAATCCAATCATAAAATATCCTTTCAAAAACGACGTGACTGGCATTTTCAAAGAGAACCTGACTGGCATGCATAGCTGGTTTGGTTTGATTCTCACGCAAGTTTCCCTATTTAAGCTTCTATTCTACCAAAATTCTTTTCTCTCACACCAAAATTAGAATTTGAAAATGGCAAAGAAGGTCGAGCTGATTTCTTCATCTCTCGTTAGCGCCACTGCAACTGCTGCTTCAATGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999938
ATGGCAAAGAAGGTCGAGCTGATTTCTTCATCTCTCGTTAGCGCCACTGCAACTGCTGCTTCAATGTCAAGATTAGAGCTTAATCCATGGGATTTAAAAATGCTCTCAGCCTTCACCATTAAAAGAGGCCTCATATTCCACAGACCTCACTTTCAATCCCAGCAAAACCTAATCCAACACCTCCAAAACTCCCTCTCCCGCGCTCTCGACTTTTTCCCTCCCCTCGCCGGCCGCCTCGCCGCCACCCCGCACGCCGGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781626.1
MAKKVELISSSLVSATATAASMSRLELNPWDLKMLSAFTIKRGLIFHRPHFQSQQNLIQHLQNSLSRALDFFPPLAGRLAATPHAGETASFFVDCNNAGAEFTHAVAAAVSISDIIEPRYLPEIVSSLFPISIGVHNYQGTSKPLLAVQVTELADGLFIGCAANHVVVDDTSFWHFFNSWSEISRGSESISKSPIFDRCNTTAAAAVDNRLIHIPTLEKNLIAPSRLRQKVFHFSKEKLFQLKAKAKSEAGTEKISTLQA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器