Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000355

染色体: Chr08 坐标: 2438165-2444659 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000355
名称SmilChr08G000355
描述CMP-sialic acid transporter 4-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向2438165 - 2444659 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999945
GeneID130999945
locus_tag-
NCBI NameLOC130999945
原始查询SmilChr08G000355

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CMP-sialic acid transporter 4-like
产物CMP-sialic acid transporter 4-like
ArabidopsisAT3G59360 (UTR6)
UDP-galactose transporter 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825105]
identity=79.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0604300 (CSTLP5)
-
identity=79; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000139 (Golgi membrane); GO:0015165 (pyrimidine nucleotide-sugar transmembrane transporter activity); GO:0090481 (pyrimidine nucleotide-sugar transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF04142 (Nuc_sug_transp)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999945

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057781634.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057781634.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781634.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781634.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781634.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:2438877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B34,B66,C2,C75
Chr8:2440636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B27,C63,C67
Chr8:2441807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C78
Chr8:2442070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B27,C63,C67
Chr8:2442787 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B106,B35,C21,C25
Chr8:2443102 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:2443618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781634.1
405 aa
N
1
202
405
Nuc_sug_transp
C
PF04142 Nuc_sug_transp 66-344 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781634.1 Pfam PF04142 Nuc_sug_transp Family 66 344 6.7e-33 114.9 Nucleotide-sugar transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925651.1
TGTATTTTTCATTTCCTTTAATGAAAAGTTTATAATTTTTGAATATTTTTTTTTCACCGAATGTTAGTTAGCGGTCTACTGCATCTTAGATCCAAAGCAAAATCGCCCAAATTTCCAAAATCCTGAAAATCAAAAACCTTTTCACATCTCTTCTCTTCAACTTTCTCTCACTACTCCTTCTCTCTTCACATGTATAAAAGGAGGGAAAATGAATTGAACAGAATTGAATTCAGTCTCGCGGCCAATTAATCCCCCTGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999945
ATGAAGAACGGGATGATAGAGTGCAGTGTCTGTCATTCCAAATTGGTTAATCCATCCACTAAGGCTGTTTCGCGAGCTTATGATCGACATAGGAGCAAGGTTTCGTCAAAACAGCGGGTGCTTAATTTCTTGTTAGTTGGCGGTGATTGTGTCCTAGTTGGTTTACAGCCTGTTCTGGTTTATATGTCAAAGGTTGATGGCCGCTTTGCATTTAGCCCCATTAGTGTCAACTTTTTGACGGAGGTTATGAAAGTTTTTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781634.1
MKNGMIECSVCHSKLVNPSTKAVSRAYDRHRSKVSSKQRVLNFLLVGGDCVLVGLQPVLVYMSKVDGRFAFSPISVNFLTEVMKVFFAIAMLIFQARRQKAGEKPLLSISTFIQAARSNMLLAVPALLYAINNYLKFIMQLYFNPATVKMLSNLKVLVIAVLLKVVMKRRFSIIQWEALALLLIGISINQLKSLPENTAALALPVTTVAYVYTLIFVTVPSMASVFNEYALKSQYDTSIYLQNLFLYGYGAIFNFLGILG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器