Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000381`

染色体: Chr08 坐标: 2679688-2680510 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000381`
名称	SmilChr08G000381
描述	YTH domain-containing protein ECT3-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	2679688 - 2680510 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999973`
GeneID	`130999973`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999973`
原始查询	`SmilChr08G000381`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	YTH domain-containing protein ECT3-like
产物	YTH domain-containing protein ECT3-like
Arabidopsis	`AT3G17330` (ECT6) evolutionarily conserved C-terminal region 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820996] identity=54.4; qcov=1.01; evalue=7.32e-27; confidence=medium
Rice	`Os03g0317000` - identity=53.9; qcov=0.873; evalue=6.91e-25; confidence=medium
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0061157 (mRNA destabilization)
KEGG	-
Pfam	PF04146 (YTH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999973

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057781669.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057781669.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057781669.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057781669.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781669.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781669.1

102 aa

102

YTH

PF04146 YTH 1-79 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781669.1`	Pfam	`PF04146`	YTH	Domain	1	79	1e-08	35.7	YT521-B-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925686.1
TGTGGTATGGCAGAAATGACTGGCCCAGTGAATTTTCACAGAGATGTGGATTTCGATTTCCGGCTGCGAGATAAACGGAGTGGAAGCTTTCCGGTGAAGTGGCACTTCATAAAGGATTTGGCAAACTTAAAAAATTTTAGGTTCACCATATTGCACAACAATGAGAACATGCCAGGGACTGACAAAAGAGACATACAAAGGTTGAGCTACAAGAAAGGTCTGCGGATGCATAACATATTCAAGCGCCGTACGTCAACAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999973
ATGGCAGAAATGACTGGCCCAGTGAATTTTCACAGAGATGTGGATTTCGATTTCCGGCTGCGAGATAAACGGAGTGGAAGCTTTCCGGTGAAGTGGCACTTCATAAAGGATTTGGCAAACTTAAAAAATTTTAGGTTCACCATATTGCACAACAATGAGAACATGCCAGGGACTGACAAAAGAGACATACAAAGGTTGAGCTACAAGAAAGGTCTGCGGATGCATAACATATTCAAGCGCCGTACGTCAACAACATCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781669.1
MAEMTGPVNFHRDVDFDFRLRDKRSGSFPVKWHFIKDLANLKNFRFTILHNNENMPGTDKRDIQRLSYKKGLRMHNIFKRRTSTTSLLDFMQEEGEGRLQKQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器