当前解析结果
SmilChr08G000383| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000383 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000383 |
| 描述 | probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g59680 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 2695229 - 2698727 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999976 |
|---|---|
| GeneID | 130999976 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999976 |
| 原始查询 | SmilChr08G000383 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g59680 |
| 产物 | probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g59680 |
| Arabidopsis | AT1G51790 (AT1G51790)Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841605] identity=33.3; qcov=1.01; evalue=2.5e-21; confidence=low |
| Rice | Os08g0518400- identity=35.5; qcov=0.899; evalue=1.52e-22; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF12819 (Malectin_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999976 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057781673.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057781673.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781673.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781673.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781673.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:2697031 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B96 |
Chr8:2697045 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B117,B19,C77 |
Chr8:2697051 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B105,C71 |
Chr8:2697056 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B110,B115,C25 |
Chr8:2697872 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B114,B30,B36,C25,D11 |
Chr8:2697909 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B96 |
Chr8:2697918 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 11 | B100,B136,B23,B29,B55,B88,C34,C35,C80,C84,D6 |
Chr8:2697972 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B18,B21,B97 |
Chr8:2697976 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B102,B108,B41,B99,C20 |
Chr8:2698349 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B110,B115,C25 |
Chr8:2698365 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B61,C78 |
Chr8:2698376 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,B21 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781673.1PF12819
Malectin_like 5-87 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781673.1 |
Pfam | PF12819 |
Malectin_like | Domain | 5 | 87 | 7.5e-15 | 55.7 | Malectin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。