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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000392

染色体: Chr08 坐标: 2747829-2749583 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000392
名称SmilChr08G000392
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09220, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向2747829 - 2749583 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999984
GeneID130999984
locus_tag-
NCBI NameLOC130999984
原始查询SmilChr08G000392

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09220, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09220%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G09220 (AT1G09220)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837442]
identity=47.3; qcov=1; evalue=1.11e-149; confidence=high
RiceOs01g0815900
-
identity=46.3; qcov=0.964; evalue=1.16e-140; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999984

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057781680.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781680.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781680.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781680.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781680.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:2747905 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C87
Chr8:2747905 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C87
Chr8:2747938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B41,C18
Chr8:2747960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B137,B3,B47,C44
Chr8:2747977 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 17 A10,A11,A24,A3,B115,B117,B121,B56,B59,B96,C25,C42,C45,C58,C74,C75,C77
Chr8:2748017 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 11 A10,B33,B56,B60,B79,C28,C32,C45,C68,C85,C9
Chr8:2748086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:2748117 AGC * 2bp_deletion CDS_variant 5 A9,B136,B3,C44,D10
Chr8:2748123 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 23 A14,A19,A24,A25,A6,B110,B111,B112,B134,B17,B34,B49,B59,B61,B65,B73,C17,C23,C3,C43,C59,C7,C76
Chr8:2748130 G GCA 2bp_insertion frameshift_variant 24 A14,A19,A24,A25,A6,B110,B111,B112,B134,B17,B34,B49,B59,B61,B65,B73,C17,C23,C3,C4,C43,C59,C7,C76
Chr8:2748138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,C22,C27,C7
Chr8:2748156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781680.1
468 aa
N
1
234
468
PPR
PPR
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 49-70 aa PF01535 PPR 122-148 aa PF01535 PPR 150-180 aa PF12854 PPR_1 178-207 aa PF13041 PPR_2 178-222 aa PF01535 PPR 181-207 aa PF01535 PPR 255-277 aa PF13812 PPR_3 283-330 aa PF13041 PPR_2 284-331 aa PF01535 PPR 286-316 aa PF01535 PPR 321-348 aa PF01535 PPR 359-378 aa PF20431 E_motif 401-460 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781680.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 49 70 1.5e-52 172.9 PPR repeat
XP_057781680.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 122 148 1.5e-52 172.9 PPR repeat
XP_057781680.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 150 180 1.5e-52 172.9 PPR repeat
XP_057781680.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 178 207 3.3e-31 107.4 PPR repeat
XP_057781680.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 178 222 1.3e-49 166.8 PPR repeat family
XP_057781680.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 181 207 1.5e-52 172.9 PPR repeat
XP_057781680.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 255 277 1.5e-52 172.9 PPR repeat
XP_057781680.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 283 330 1.4e-17 64.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781680.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 284 331 1.3e-49 166.8 PPR repeat family
XP_057781680.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 286 316 1.5e-52 172.9 PPR repeat
XP_057781680.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 321 348 1.5e-52 172.9 PPR repeat
XP_057781680.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 359 378 1.5e-52 172.9 PPR repeat
XP_057781680.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 401 460 4.2e-13 50.1 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925697.1
AGACCCTCGTCATTTTTTGTTAAGAATCTATTGTTTGAAAATTGAATCATTCTTCTCGGGGCAAAACCAACTATTAACCAAATTTGGTGCCTTATATCTCAAAAGATATTAAATACTCACAAATAATTATAAATTCTCTACACATTTACTGCTCGAATGAATCTGTGCATACGTTTTTCTGACCTTTATGTGATGTGCTGACGAAATGGTCATAACTTTTGCAGCTGGAGGGAGCATTTGACTTCTAATAAGTATGCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999984
ATGTCTAGTAGGCAAAGCCAGTACAACCATCTTCTCTCCCTACTCCACAAATACAGCCATCGCCGCCGCGCCATTCAGCAAATCCACTGCCACCTTCTCCTCACAAATCCACTCCTCAACCATGGAATTTGCTTACTTCTTCTCTGGAACTCCGTAATCAAGCACTACGCACTCGGCAGATTCCCGCGAGATGCTCTCTCTCTCTTCAAATATATCGGGAATCAAAGGAATCCCTTTTCATTCGATAGCTTTACCTACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781680.1
MSSRQSQYNHLLSLLHKYSHRRRAIQQIHCHLLLTNPLLNHGICLLLLWNSVIKHYALGRFPRDALSLFKYIGNQRNPFSFDSFTYSYLIKACANMKRPDVGNQLHCRSTKVGFHCNLHVQTALVNMHADSGYLVEARKVFDEMPERNLVTWNVLLTGLVKWGEVGLARAVFDAMPERNVVSWTGMINGYTRANRFHDALHLFRTMVVHQGIRPTEVTLLALFPSIWNVGSLEFCRMIHGYAEKSGLNMMDVRVVNCLID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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