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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000400`

染色体: Chr08 坐标: 2803828-2810808 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000400`
名称	SmilChr08G000400
描述	uncharacterized SmilChr08G000400
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	2803828 - 2810808 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997127`
GeneID	`130997127`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997127`
原始查询	`SmilChr08G000400`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=32.1; qcov=0.313; evalue=2.45e-21; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997127

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057778372.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057778372.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057778372.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057778372.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057778372.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778372.1

536 aa

268

536

Ty3_capsid

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

RVP_2

Asp_protease_2

gag-asp_proteas

PRO_PEG10-RTL1

PF19259 Ty3_capsid 26-202 aa PF03732 PEG10_N-capsid 30-107 aa PF00098 zf-CCHC 281-296 aa PF08284 RVP_2 343-471 aa PF13650 Asp_protease_2 367-454 aa PF13975 gag-asp_proteas 370-456 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 376-471 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778372.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	26	202	3.5e-11	43.6	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057778372.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	30	107	5.2e-13	49.9	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057778372.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	281	296	4.4e-07	30.4	Zinc knuckle
`XP_057778372.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	343	471	5.1e-27	95.1	Retroviral aspartyl protease
`XP_057778372.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	367	454	2e-09	38.7	Aspartyl protease
`XP_057778372.1`	Pfam	`PF13975`	gag-asp_proteas	Domain	370	456	3.8e-09	37.7	gag-polyprotein putative aspartyl protease
`XP_057778372.1`	Pfam	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	Domain	376	471	1.8e-09	38.7	PEG10/RTL1 protease domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922389.1
AATTAGTATTACAAATACAGAATAAGGATTTTATTCATCACATTCATCTAGCACCTACACATTTCCACATCCATCTTACTCTTAAATAAATTGATGGTGTTGGAAACACTCATCATATGCCAACTATCCCACTAAACACTCATCATTCCACTAAACACTCATTATTCCACACACTCATCATTCCACTAAACACTCTTTACACCTTCTTTTGCCAGCCATCTTCTACACTTTAACATCTCAACATGCAATTAGCTTTTATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997127
ATGCCTCCCAGAAGAGCCCCAAGAAACAATGTGGGAACCGCAAACGAACCCCCACGAAGGGTTGAGGAACTTTTTCTTAAACAGAGCCCGCCAACATTCAACGGGACCGGCAACCCGACTGATGCCGAAATCTGGATTAGAGCAATGGAAAGGATTTTCGACTTTCTTCACTGTACTGATCAAGAGAGACTCTCTTGTGTTGCATTCCAACTAACTGGGTCGGCAGATTTTTGGTGGGAAACCAAGAAGAGGGCAATGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778372.1
MPPRRAPRNNVGTANEPPRRVEELFLKQSPPTFNGTGNPTDAEIWIRAMERIFDFLHCTDQERLSCVAFQLTGSADFWWETKKRAMTLEQLENLTWEDFKTEIYDKYIPKSYRKKKETEFFNLKQNKMSVTEYDRAFCDMSRYAPHLIDTDEKMAEKFRSGLRHEIKMALASHGDLTHSEALSRALDVEAAMPEDRPTQTQAPGNNDRGKRKWEGNNNNNRGYYNNQDNKRPWQGNMMPQRQWQGRPVNPGSAGNNQGQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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