当前解析结果
SmilChr08G000402| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000402 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000402 |
| 描述 | putative disease resistance protein RGA3 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 2821520 - 2823377 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997128 |
|---|---|
| GeneID | 130997128 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997128 |
| 原始查询 | SmilChr08G000402 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative disease resistance protein RGA3 |
| 产物 | putative disease resistance protein RGA3 |
| Arabidopsis | AT3G14470 (AT3G14470)NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820670] identity=28.7; qcov=1.05; evalue=8.43e-47; confidence=low |
| Rice | Os05g0492200 (YR1)- identity=34; qcov=0.959; evalue=7.77e-59; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14); PF25019 (LRR_R13L1-DRL21) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997128 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057778373.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057778373.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057778373.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057778373.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778373.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:2821562 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,B99 |
Chr8:2821585 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B48,C18,C19,C56 |
Chr8:2821603 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,B99 |
Chr8:2821607 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,B99 |
Chr8:2821616 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,B99 |
Chr8:2821693 |
CA |
* |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | A7,B58 |
Chr8:2821742 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B40,B71,B79,C68 |
Chr8:2821750 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,B63 |
Chr8:2821756 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B45,B82,C14,C61 |
Chr8:2821780 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A19,B131,B23,C17,C27,C41,C54 |
Chr8:2821825 |
A |
ACC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B137,B89 |
Chr8:2821825 |
A |
ACC |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B137,B89 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778373.1PF18052
Rx_N 9-69 aa
PF23559
WHD_DRP 55-118 aa
PF23598
LRR_14 160-446 aa
PF25019
LRR_R13L1-DRL21 286-414 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778373.1 |
Pfam | PF18052 |
Rx_N | Domain | 9 | 69 | 1.2e-06 | 29.3 | Rx N-terminal domain |
XP_057778373.1 |
Pfam | PF23559 |
WHD_DRP | Domain | 55 | 118 | 4.2e-21 | 75.5 | Disease resistance protein Winged helix domain |
XP_057778373.1 |
Pfam | PF23598 |
LRR_14 | Repeat | 160 | 446 | 2.8e-38 | 132.3 | Leucine-rich repeat region |
XP_057778373.1 |
Pfam | PF25019 |
LRR_R13L1-DRL21 | Repeat | 286 | 414 | 2.1e-43 | 147.9 | R13L1/DRL21 LRRs |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。