当前解析结果
SmilChr08G000437| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000437 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000437 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000437 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 3128191 - 3131584 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000034 |
|---|---|
| GeneID | 131000034 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000034 |
| 原始查询 | SmilChr08G000437 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0287100; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os03g0287100; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os03g0287100- identity=56.2; qcov=0.415; evalue=1.59e-41; confidence=low |
| GO | GO:0005548 (GO:0005548); GO:0015914 (phospholipid transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02121 (IP_trans) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000034 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057781752.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057781752.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057781752.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781752.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781752.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:3128656 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B36 |
Chr8:3129223 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr8:3129469 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,C71 |
Chr8:3129740 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C19 |
Chr8:3130074 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A19,B112,B73,C7 |
Chr8:3130089 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B3,B81,C18,D8 |
Chr8:3130838 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,D9 |
Chr8:3130855 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C37,C57 |
Chr8:3130877 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr8:3130880 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B106,B5,B8 |
Chr8:3131040 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,B134 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781752.1PF02121
IP_trans 3-246 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781752.1 |
Pfam | PF02121 |
IP_trans | Domain | 3 | 246 | 3.5e-89 | 299.3 | Phosphatidylinositol transfer protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。