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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000439`

染色体: Chr08 坐标: 3153950-3157537 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000439`
名称	SmilChr08G000439
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RSL1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	3153950 - 3157537 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000024`
GeneID	`131000024`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000024`
原始查询	`SmilChr08G000439`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RSL1-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase RSL1-like
Arabidopsis	`AT5G60250` (AT5G60250) zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836147] identity=43; qcov=0.954; evalue=1.32e-145; confidence=medium
Rice	`Os12g0102900` - identity=33.7; qcov=0.592; evalue=4.34e-57; confidence=low
GO	GO:0000151 (ubiquitin ligase complex); GO:0000209 (protein polyubiquitination); GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0031624 (ubiquitin conjugating enzyme binding); GO:0032436 (positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01485 (IBR); PF13456 (RVT_3); PF22191 (IBR_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000024

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057781741.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057781741.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057781741.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781741.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781741.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:3154190`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B111,B18,B88,C57,C84
`Chr8:3154332`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B3,B81
`Chr8:3154347`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C43,C83
`Chr8:3154365`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B135
`Chr8:3154380`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr8:3154533`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,C19
`Chr8:3154534`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,A3
`Chr8:3154827`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B75
`Chr8:3156330`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B3,B81
`Chr8:3156491`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr8:3156612`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B19,B55,B59,B74,C19
`Chr8:3156877`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B110,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781741.1

566 aa

283

566

RVT_3

IBR

IBR_1

PF13456 RVT_3 176-293 aa PF01485 IBR 394-454 aa PF01485 IBR 470-522 aa PF22191 IBR_1 482-518 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781741.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	176	293	6.1e-25	88.2	Reverse transcriptase-like
`XP_057781741.1`	Pfam	`PF01485`	IBR	Domain	394	454	1.7e-14	54.3	IBR domain, a half RING-finger domain
`XP_057781741.1`	Pfam	`PF01485`	IBR	Domain	470	522	1.7e-14	54.3	IBR domain, a half RING-finger domain
`XP_057781741.1`	Pfam	`PF22191`	IBR_1	Domain	482	518	3e-08	34.1	IBR domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925758.1
TATTATGTATGTGGATACCAGAGAAATAAATATTTTATCGAAAAATTGAATTAGGTTGAGTTGGATTAGTGTCACGTAATTTGTGAATAATCTTTAAAAAAATTTAATTAAAAAAAAAGAAGCATTTTAAGCGGAATATTGTAAGTCGATGAGGCAGGAATTTTGGTCTCCAATCGAAATCTGTGTAGTCTGCAAAATACACAACAAAATAGTCGCTGAGCCTGATGTCGCTACCGACGGCGTCGTTTGACTTCGGATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000024
ATGTCGCTACCGACGGCGTCGTTTGACTTCGGATTGGACTCCGACGCCGACGACCTCCACGCCATCGCCGCCGAGCAACGCTGTGAACTCATGGCCGCCAAAGCCGTCGACTCCGACCTCGACTTCGCCTTCGATCTCCAACTCCAGGAAGCCATCACCGCTTCTCTATCCCTCAATCCCCAACCTTCCACCTCCTTCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGTCGACCAACCGGTACCGAAGGATGACGCATTCAAGTTCACCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781741.1
MSLPTASFDFGLDSDADDLHAIAAEQRCELMAAKAVDSDLDFAFDLQLQEAITASLSLNPQPSTSFAAAAAAVDQPVPKDDAFKFTDVLSDELLKLEVELRDQAISEREFQRLKNDLDRRLHDHRLALEISRMSEDEWDDWGDNFERPFGEGSSKGGSKEIFRVYFKGLVENQFPKETCLGGIGVAICDSRDDLLFELRKPLVGKGTSRRAVEITALIEGLNAALELQLQRIVFYCDYHPIFQFVTGRWSCKQRKITALI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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