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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000445

染色体: Chr08 坐标: 3174341-3178350 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000445
名称SmilChr08G000445
描述uncharacterized SmilChr08G000445
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3174341 - 3178350 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000026
GeneID131000026
locus_tag-
NCBI NameLOC131000026
原始查询SmilChr08G000445

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820126]; symbol=AT3G09690; hit=AT3G09690; species=arabidopsis; confidence=high
产物alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820126]; symbol=AT3G09690; hit=AT3G09690; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G09690 (AT3G09690)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820126]
identity=53.6; qcov=0.897; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0288300
-
identity=53.7; qcov=0.97; evalue=1.41e-177; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00561 (Abhydrolase_1); PF12146 (Hydrolase_4); PF12697 (Abhydrolase_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000026

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057781744.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057781744.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057781744.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781744.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781744.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3174862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr8:3174909 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B51
Chr8:3174936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B120,B32,B75
Chr8:3174948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr8:3174951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr8:3175004 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C81
Chr8:3175004 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C81
Chr8:3175047 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr8:3175059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr8:3175077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr8:3175095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr8:3176033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781744.1
498 aa
N
1
249
498
Abhydrolase_1
Hydrolase_4
Abhydrolase_6
C
PF00561 Abhydrolase_1 179-445 aa PF12146 Hydrolase_4 181-277 aa PF12697 Abhydrolase_6 184-444 aa
XP_057781745.1
497 aa
N
1
248
497
Abhydrolase_1
Hydrolase_4
Abhydrolase_6
C
PF00561 Abhydrolase_1 175-444 aa PF12146 Hydrolase_4 180-276 aa PF12697 Abhydrolase_6 182-443 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781744.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 179 445 6.9e-16 59.4 alpha/beta hydrolase fold
XP_057781744.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 181 277 1.9e-08 34.7 Serine aminopeptidase, S33
XP_057781744.1 Pfam PF12697 Abhydrolase_6 Domain 184 444 3.6e-10 41.6 Alpha/beta hydrolase family
XP_057781745.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 175 444 5.2e-16 59.8 alpha/beta hydrolase fold
XP_057781745.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 180 276 1.8e-08 34.7 Serine aminopeptidase, S33
XP_057781745.1 Pfam PF12697 Abhydrolase_6 Domain 182 443 3.1e-10 41.8 Alpha/beta hydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925762.1
ACGCAGCGATCCCGCATTCTTGAAAATTGCATTCCGGCCCCTCCCACGCCGTCCATTAATTCCATTAATAGCAAACAGCAACAACTCATGCACCAGATTCATTAGCATGAAAATATTGAATTTTTTATCCATATATTTTTCCATTAATGTTTCGTAACACTCTGTAAGCTGCCGAAACAACCCATATTTGCAACAAACAATTGATGGGAGCAAATGCAATTATTACTGTATAATATAATCTGTACAGCGACAGCATCTGC...
XM_057925761.1
GATCCCGCATTCTTGAAAATTGCATTCCGGCCCCTCCCACGCCGTCCATTAATTCCATTAATAGCAAACAGCAACAACTCATGCACCAGATTCATTAGCATGAAAATATTGAATTTTTTATCCATATATTTTTCCATTAATGTTTCGTAACACTCTGTAAGCTGCCGAAACAACCCATATTTGCAACAAACAATTGATGGGAGCAAATGCAATTATTACTGTATAATATAATCTGTACAGCGACAGCATCTGCTTGTCTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000026
ATGTCTGAAGTCAACGAGTTCGGGGATCTTCTTGATGAGAGAGGTAACGGTGCGGCGGCGGGGGAGGTTGGGGACTGGAGGTTTCAGGCGGCGGAGTTCGCGAAGGGGGCGGCGGAGATGAGCGTGGAGTTCGGGAAGGGGGTGAGGGATGTGGTGAAGCAGACGGTGCTGAGGGAGGATTCTGTGATTATGAAGAAGTTCAAGGGCCCTTGTCAGAAATTGTTTGGGAGGTTGAGGTTTTTGAATGAGTATTTGCCCGA...
LOC131000026
ATGTCTGAAGTCAACGAGTTCGGGGATCTTCTTGATGAGAGAGGTAACGGTGCGGCGGCGGGGGAGGTTGGGGACTGGAGGTTTCAGGCGGCGGAGTTCGCGAAGGGGGCGGCGGAGATGAGCGTGGAGTTCGGGAAGGGGGTGAGGGATGTGGTGAAGCAGACGGTGCTGAGGGAGGATTCTGTGATTATGAAGAAGTTCAAGGGCCCTTGTCAGAAATTGTTTGGGAGGTTGAGGTTTTTGAATGAGTATTTGCCCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057781744.1
MSEVNEFGDLLDERGNGAAAGEVGDWRFQAAEFAKGAAEMSVEFGKGVRDVVKQTVLREDSVIMKKFKGPCQKLFGRLRFLNEYLPEDRDPVHAWTVIACVSILAFAVLTVNTTRTTTPLVNKMKLHPSTATLILLPDGRRLAYQEQGVPADKARYSMIVPHSFLSSRLAVGVPGVKGALLEEFGIRLLTYDLPGFGESDPDPKRDLESSALDMLHLAYAVNVTEKLWVLGYSDGSKHAWAALHYIPDRIAGAIMLAPMV...
XP_057781745.1
MSEVNEFGDLLDERGNGAAAGEVGDWRFQAAEFAKGAAEMSVEFGKGVRDVVKQTVLREDSVIMKKFKGPCQKLFGRLRFLNEYLPEDRDPVHAWTVIACVSILAFAVLTVNTTRTTTPLVNKMKLHPSTATLILLPDGRRLAYQEQGVPADKARYSMIVPHSFLSSRLAGVPGVKGALLEEFGIRLLTYDLPGFGESDPDPKRDLESSALDMLHLAYAVNVTEKLWVLGYSDGSKHAWAALHYIPDRIAGAIMLAPMVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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