Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000446`

染色体: Chr08 坐标: 3180122-3183492 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000446`
名称	SmilChr08G000446
描述	vicilin-like seed storage protein At2g28490
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	3180122 - 3183492 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997136`
GeneID	`130997136`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997136`
原始查询	`SmilChr08G000446`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	vicilin-like seed storage protein At2g28490
产物	vicilin-like seed storage protein At2g28490
Arabidopsis	`AT2G28490` (AT2G28490) RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817397] identity=53.3; qcov=0.858; evalue=1.19e-148; confidence=high
Rice	`Os03g0336100` (CDP3.2) - identity=60.4; qcov=0.37; evalue=5.41e-72; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00190 (Cupin_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997136

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057778379.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057778379.1`
3	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057778379.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778379.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778379.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:3180199`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr8:3180248`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B24,B85,C33,C62
`Chr8:3180296`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B8,C17,C4
`Chr8:3180298`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C78,C83
`Chr8:3180469`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,A20,B29,B72,C59
`Chr8:3180475`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,A20,B29,B72,C59
`Chr8:3180511`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B80,C48
`Chr8:3181795`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B87,C82,D9
`Chr8:3181803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,B24,C28,C9
`Chr8:3181826`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B122,B28,B58,C86
`Chr8:3181865`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,B24,C28,C9
`Chr8:3181875`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B47,B59,B62,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778379.1

492 aa

246

492

Cupin_1

PF00190 Cupin_1 308-453 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778379.1`	Pfam	`PF00190`	Cupin_1	Domain	308	453	2.1e-38	131.9	Cupin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922396.1
ATGCGTAACACATGTGTGCTGTTGCTGGCCGTGCTGGCCCTGCTGGCGGTGGCGCTCGCCGTCTCCGCTCACAGAGACGACGAGCGCTGGGGGAGGCGGGGCGAGGAGGAGCGGTGGCCGGAAGGGCGGGGAAGGAGAGAGGAGGAAGAGAGAGGCGAGGAGGAAGAAGAGAGGCGGTCGGAGAGGCGGGGGAGGCGGCGCGAGGAGGAGAGGGGCGGGGACGAGGGGGGCACGGGGCGGCGGGAGGGGGACGAGTGGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997136
ATGCGTAACACATGTGTGCTGTTGCTGGCCGTGCTGGCCCTGCTGGCGGTGGCGCTCGCCGTCTCCGCTCACAGAGACGACGAGCGCTGGGGGAGGCGGGGCGAGGAGGAGCGGTGGCCGGAAGGGCGGGGAAGGAGAGAGGAGGAAGAGAGAGGCGAGGAGGAAGAAGAGAGGCGGTCGGAGAGGCGGGGGAGGCGGCGCGAGGAGGAGAGGGGCGGGGACGAGGGGGGCACGGGGCGGCGGGAGGGGGACGAGTGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778379.1
MRNTCVLLLAVLALLAVALAVSAHRDDERWGRRGEEERWPEGRGRREEEERGEEEEERRSERRGRRREEERGGDEGGTGRREGDEWFLLQDAKSVVRTYAGSMKVVKGFGRSPMHIGFITMEPKSLFVPQYLDSSLILFVRRGEARVGNIYKDELVERRLKVGDIYRIGAGSAFYLVNEAEGQRLHIVCSIDTSDSSLPHTFQSFYIGGGTYPKSVLSGFDRLTLSTALNVTEEEVNDMLTSQDEGPIVYLSNTTHSPRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器