Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000452`

染色体: Chr08 坐标: 3210853-3215002 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000452`
名称	SmilChr08G000452
描述	uncharacterized SmilChr08G000452
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	3210853 - 3215002 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000041`
GeneID	`131000041`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000041`
原始查询	`SmilChr08G000452`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome B561, amino-terminal protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837312]; symbol=AT1G07970; hit=AT1G07970; species=arabidopsis; confidence=high
产物	cytochrome B561, amino-terminal protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837312]; symbol=AT1G07970; hit=AT1G07970; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G07970` (AT1G07970) cytochrome B561, amino-terminal protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837312] identity=54.8; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0288800` - identity=50.5; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF09786 (CytochromB561_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000041

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus membrane	核膜	0.60000	`XP_057781769.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057781769.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781769.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781769.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781769.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:3211095`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr8:3211150`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,A2,C4,C57,C85
`Chr8:3211216`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C16,C33,C73,D6
`Chr8:3211632`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B55,C14,C58
`Chr8:3211632`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B55,C14,C58
`Chr8:3211649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr8:3211687`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24
`Chr8:3211689`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr8:3211730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B87,D9
`Chr8:3212168`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr8:3212225`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,A2,B74,C57,C85
`Chr8:3212487`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,C63,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781769.1

683 aa

342

683

CytochromB561_N

PF09786 CytochromB561_N 19-678 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781769.1`	Pfam	`PF09786`	CytochromB561_N	Family	19	678	2e-202	674.9	Cytochrome B561, N terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925786.1
CATAAGCGCTGAAATTTCGAAAATTCCGGCTTCCTGCTCGAGCTTCAAAAACCTCAAACAATGGCGGAAATTCTAGTTGTTAAACCCTAAGCAGGCTATTGGGCAGCAATCAGTCGACTGCTAGGAAACCAGCGATGGATCGTGAAGGAGGCCAGCAGCAGATGGCGGGCGCATCGAAGCCCTCGTTGTTTGCAGTGTACCAGAACCCAGCACTCTCTGCGGCCCTCACCTCCAACAGCCTTCGCCCCTCCGCCTCCACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000041
ATGGATCGTGAAGGAGGCCAGCAGCAGATGGCGGGCGCATCGAAGCCCTCGTTGTTTGCAGTGTACCAGAACCCAGCACTCTCTGCGGCCCTCACCTCCAACAGCCTTCGCCCCTCCGCCTCCACAGTCTTCTTCATCCTCTCTATGCTATCCGTCTCCGCTCTCGCCCTCGCCATCTCTATGTACAGGGAAAATACGGTTGCTGCTGATTTTGGACTTGGATTTGTTTCTCAAGATGTTGCGAGTATATGTTCCAAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781769.1
MDREGGQQQMAGASKPSLFAVYQNPALSAALTSNSLRPSASTVFFILSMLSVSALALAISMYRENTVAADFGLGFVSQDVASICSKVIAAMASCILLAALFAFVKALSVWRRRNLRDVFVVSPSKGTKELTRLTDRQLGLLGLRSKLEKDSEESSKRPPKSKISSPSPPSLLVPLHPSSSNHEMSGGKSSSSGGRKIHAYTTPSKSPASPSMYLVPTASARSSVPSPSLQSSPGVDQLNATPWSSKRRAFQKDLATEKDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器