当前解析结果
SmilChr08G000454| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000454 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000454 |
| 描述 | MLO-like protein 3 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 3244555 - 3252440 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000044 |
|---|---|
| GeneID | 131000044 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000044 |
| 原始查询 | SmilChr08G000454 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MLO-like protein 3 |
| 产物 | MLO-like protein 3 |
| Arabidopsis | AT3G45290 (MLO3)Seven transmembrane MLO family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823667] identity=53.9; qcov=0.96; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0129100 (OsMLO2)- identity=48; qcov=0.909; evalue=6.67e-160; confidence=high |
| GO | GO:0006952 (defense response); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03094 (Mlo) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000044 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057781776.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781776.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781776.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781776.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057781776.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:3244695 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,C85 |
Chr8:3245657 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B124,B15,C23,C34,C53 |
Chr8:3245666 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B118,B129,B89,C77,C78 |
Chr8:3246963 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A1 |
Chr8:3247354 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C51 |
Chr8:3247525 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B23,B35,B40,B94,C57 |
Chr8:3251600 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,D11 |
Chr8:3251679 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B140,B56,B96,D7 |
Chr8:3251679 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B140,B56,B96,D7 |
Chr8:3252062 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B113,B15,C51 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781776.1PF03094
Mlo 12-474 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781776.1 |
Pfam | PF03094 |
Mlo | Family | 12 | 474 | 1.9e-192 | 640.7 | Mlo family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。