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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000455

染色体: Chr08 坐标: 3257450-3261938 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000455
名称SmilChr08G000455
描述prefoldin subunit 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3257450 - 3261938 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000045
GeneID131000045
locus_tag-
NCBI NameLOC131000045
原始查询SmilChr08G000455

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述prefoldin subunit 1
产物prefoldin subunit 1
ArabidopsisAT2G07340 (PFD1)
PREFOLDIN 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815304]
identity=74.2; qcov=1; evalue=4.13e-67; confidence=high
RiceOs02g0462900
-
identity=61.6; qcov=0.57; evalue=1.4e-28; confidence=medium
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0006457 (protein folding); GO:0016272 (prefoldin complex); GO:0044183 (protein folding chaperone); GO:0051082 (GO:0051082)
KEGG-
PfamPF01920 (Prefoldin_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000045

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781777.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057781777.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057781777.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057781777.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781777.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3258495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C57
Chr8:3258552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr8:3259014 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,C20
Chr8:3259042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B73,B8,C17
Chr8:3259051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C73,D6
Chr8:3261647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B19,B44,C55
Chr8:3261659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr8:3261672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,B99
Chr8:3261712 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B1,B13
Chr8:3261712 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 B1,B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781777.1
128 aa
N
1
64
128
Prefoldin_2
C
PF01920 Prefoldin_2 13-115 aa
XP_057781778.1
128 aa
N
1
64
128
Prefoldin_2
C
PF01920 Prefoldin_2 13-115 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781777.1 Pfam PF01920 Prefoldin_2 Coiled-coil 13 115 5.9e-20 71.9 Prefoldin subunit
XP_057781778.1 Pfam PF01920 Prefoldin_2 Coiled-coil 13 115 5.9e-20 71.9 Prefoldin subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925794.1
ATAATACTAATATGCTATCGCCGTTTCCCCTAATTCAGAGTAAGATAAATTTTACCCCTCTCGCACGCTCGCCGCCGTTCAGCTGCGCGCCACCGCCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGACGTTCAGCTCTTTTACTTGAAGAAGATAAAGGAGTTGTCTAGTAACTCTTATTCAGAGAGTTTAGCTACATCAACAAGCAGAGGACAATGGCAGACGAAGCGATCAGAAGTGCATTTCTTGAAATTCAAAGTCGGATGATTGA...
XM_057925795.1
ATAATACTAATATGCTATCGCCGTTTCCCCTAATTCAGAGTAAGATAAATTTTACCCCTCTCGCACGCTCGCCGCCGTTCAGCTGCGCGCCACCGCCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGACGTTCAGCTCTTTTACTTGAAGAAGATAAAGGAGTTGTCTAGTAACTAGAGTTTAGCTACATCAACAAGCAGAGGACAATGGCAGACGAAGCGATCAGAAGTGCATTTCTTGAAATTCAAAGTCGGATGATTGAGACCACTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000045
ATGGCAGACGAAGCGATCAGAAGTGCATTTCTTGAAATTCAAAGTCGGATGATTGAGACCACTGCGAAGTTAAAGCAGGTCCAGAATCAGCTGCGAAATAAAGAAGGGGAGAAGAAGCGTGCTTACTTGACTTTGGAGGAACTTAAGCTGCTATCTGACGATACAAATACTTACAAATCTATCGGGAGAACGTTTATTTTGGAGCCAAAATCATCTCTGATGGAAGAACAAGAAGGAAAGCTTAGGGATAGTGAAGCTGC...
LOC131000045
ATGGCAGACGAAGCGATCAGAAGTGCATTTCTTGAAATTCAAAGTCGGATGATTGAGACCACTGCGAAGTTAAAGCAGGTCCAGAATCAGCTGCGAAATAAAGAAGGGGAGAAGAAGCGTGCTTACTTGACTTTGGAGGAACTTAAGCTGCTATCTGACGATACAAATACTTACAAATCTATCGGGAGAACGTTTATTTTGGAGCCAAAATCATCTCTGATGGAAGAACAAGAAGGAAAGCTTAGGGATAGTGAAGCTGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057781777.1
MADEAIRSAFLEIQSRMIETTAKLKQVQNQLRNKEGEKKRAYLTLEELKLLSDDTNTYKSIGRTFILEPKSSLMEEQEGKLRDSEAAISSLQTSKEYLEKQMAEIENNLRELLQQDPALARQIMAMSV
XP_057781778.1
MADEAIRSAFLEIQSRMIETTAKLKQVQNQLRNKEGEKKRAYLTLEELKLLSDDTNTYKSIGRTFILEPKSSLMEEQEGKLRDSEAAISSLQTSKEYLEKQMAEIENNLRELLQQDPALARQIMAMSV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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