当前解析结果
SmilChr08G000461| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000461 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000461 |
| 描述 | F-box/kelch-repeat protein At5g60570-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 3303336 - 3305546 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000051 |
|---|---|
| GeneID | 131000051 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000051 |
| 原始查询 | SmilChr08G000461 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | F-box/kelch-repeat protein At5g60570-like |
| 产物 | F-box/kelch-repeat protein At5g60570-like |
| Arabidopsis | AT5G60570 (AT5G60570)Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836178] identity=69.3; qcov=0.939; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0619300 (OsFbox232)- identity=65.1; qcov=0.886; evalue=1.59e-171; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01344 (Kelch_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000051 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057781789.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057781789.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057781789.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781789.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781789.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:3304275 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr8:3304656 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C20,C6,D10 |
Chr8:3304713 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:3304776 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781789.1PF01344
Kelch_1 181-226 aa
PF01344
Kelch_1 229-274 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781789.1 |
Pfam | PF01344 |
Kelch_1 | Repeat | 181 | 226 | 4.8e-25 | 87.4 | Kelch motif |
XP_057781789.1 |
Pfam | PF01344 |
Kelch_1 | Repeat | 229 | 274 | 4.8e-25 | 87.4 | Kelch motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。