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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000463

染色体: Chr08 坐标: 3313892-3316762 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000463
名称SmilChr08G000463
描述uncharacterized SmilChr08G000463
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3313892 - 3316762 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000052
GeneID131000052
locus_tag-
NCBI NameLOC131000052
原始查询SmilChr08G000463

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836179]; symbol=AT5G60580; hit=AT5G60580; species=arabidopsis; confidence=high
产物RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836179]; symbol=AT5G60580; hit=AT5G60580; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G60580 (AT5G60580)
RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836179]
identity=55.4; qcov=0.971; evalue=8.51e-159; confidence=high
RiceOs06g0677300 (OsRFPV-5)
-
identity=48; qcov=0.919; evalue=8.61e-132; confidence=high
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF12906 (RINGv)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000052

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781790.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057781792.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781790.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781790.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781790.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3314109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C63
Chr8:3314162 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B12
Chr8:3314162 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B12
Chr8:3314163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C13,C20
Chr8:3314168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr8:3314732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B31,C28
Chr8:3314807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B35,B83,D9
Chr8:3314872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,B72
Chr8:3314879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr8:3314990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr8:3315282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr8:3315292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781790.1
497 aa
N
1
248
497
RINGv
C
PF12906 RINGv 269-316 aa
XP_057781791.1
495 aa
N
1
248
495
RINGv
C
PF12906 RINGv 269-316 aa
XP_057781792.1
483 aa
N
1
242
483
RINGv
C
PF12906 RINGv 255-302 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781790.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 269 316 2.7e-11 44.1 RING-variant domain
XP_057781791.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 269 316 2.7e-11 44.1 RING-variant domain
XP_057781792.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 255 302 2.9e-11 44.0 RING-variant domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925807.1
CTTAGTGAAGAGTGAAGCGAGGCCGCACTTTGCTAGCTAGTGCTATGAAATAGACACCATCACACCTCTGGCGCCAAACCCCTTCCTTCCTTCATCTTTATTACTATTATCTTTGTATTATCATTTATCAATATATATATATATATATATATAGTTGAAGCATAGTGGTGGAGCACCATTTATCACTTGATGAAATGATGAATGCACAACACAAAAACTGGGGTGTTGATGAGCTTCATGATGCAACTATTACTCCATCT...
XM_057925808.1
CTTAGTGAAGAGTGAAGCGAGGCCGCACTTTGCTAGCTAGTGCTATGAAATAGACACCATCACACCTCTGGCGCCAAACCCCTTCCTTCCTTCATCTTTATTACTATTATCTTTGTATTATCATTTATCAATATATATATATATATATATATAGTTGAAGCATAGTGGTGGAGCACCATTTATCACTTGATGAAATGATGAATGCACAACACAAAAACTGGGGTGTTGATGAGCTTCATGATGCAACTATTACTCCATCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131000052
ATGATGAATGCACAACACAAAAACTGGGGTGTTGATGAGCTTCATGATGCAACTATTACTCCATCTCAACCTCCTCACCTTGCTGTGCCAATTCACAAGCTGGAGAAATCTTTGGAAATGGCTGAAGAAACATCAAACAGCAAACAGTGGAGAAAATCCAACCTATTCTTGGAGATACCTAGCAGATCATTGGAGGTATCTCGCCAAGAATTCGTTCAAATAAAGATGCCGGCAGCCACACCAACTCCCACCCCCAAGAG...
LOC131000052
ATGATGAATGCACAACACAAAAACTGGGGTGTTGATGAGCTTCATGATGCAACTATTACTCCATCTCAACCTCCTCACCTTGCTGTGCCAATTCACAAGCTGGAGAAATCTTTGGAAATGGCTGAAGAAACATCAAACAGCAAACAGTGGAGAAAATCCAACCTATTCTTGGAGATACCTAGCAGATCATTGGAGGTATCTCGCCAAGAATTCGTTCAAATAAAGATGCCGGCAGCCACACCAACTCCCACCCCCAAGAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057781790.1
MMNAQHKNWGVDELHDATITPSQPPHLAVPIHKLEKSLEMAEETSNSKQWRKSNLFLEIPSRSLEVSRQEFVQIKMPAATPTPTPKRVNFLLTPSPSGSRPYGSPGPSSTRGRPSIRSLLPKIGFKQRASTSDAADKAASNDSVTSSMSRSWSFSKMFTPRAMRACSLPVTPIASSNPGSCHGGNGNPNFPPAPDDGKGVRRMSRSLSVPVIRKEKGTRKMESFFRIIPSTPRVVAKDGQDQAADTTSVDDEKSDEANGE...
XP_057781791.1
MMNAQHKNWGVDELHDATITPSQPPHLAVPIHKLEKSLEMAEETSNSKQWRKSNLFLEIPSRSLEVSRQEFVQIKMPAATPTPTPKRVNFLLTPSPSGSRPYGSPGPSSTRGRPSIRSLLPKIGFKQRASTSDAADKAASNDSVTSSMSRSWSFSKMFTPRAMRACSLPVTPIASSNPGSCHGGNGNPNFPPAPDDGKGVRRMSRSLSVPVIRKEKGTRKMESFFRIIPSTPRVVAKDGQDQAADTTSVDDEKSDEANGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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