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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000464

染色体: Chr08 坐标: 3317332-3319402 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000464
名称SmilChr08G000464
描述uncharacterized SmilChr08G000464
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3317332 - 3319402 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000054
GeneID131000054
locus_tag-
NCBI NameLOC131000054
原始查询SmilChr08G000464

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836180]; symbol=AT5G60590; hit=AT5G60590; species=arabidopsis; confidence=high
产物DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836180]; symbol=AT5G60590; hit=AT5G60590; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G60590 (AT5G60590)
DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836180]
identity=70.9; qcov=0.891; evalue=5.91e-117; confidence=high
RiceOs03g0201600
-
identity=69.1; qcov=0.792; evalue=2.53e-107; confidence=high
GOGO:0000049 (tRNA binding); GO:0003725 (double-stranded RNA binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006450 (regulation of translational fidelity); GO:0016779 (nucleotidyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF01300 (Sua5_yciO_yrdC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000054

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057781796.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057781796.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057781796.1
4 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057781796.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781796.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3317720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:3317867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C57
Chr8:3318451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B72,B75,C35
Chr8:3318550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B118,B26,B9,C50
Chr8:3318568 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,D11
Chr8:3318576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr8:3318589 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:3318592 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,D11
Chr8:3318741 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:3318804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:3318811 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B101,B12
Chr8:3318830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781796.1
274 aa
N
1
137
274
Sua5_yciO_yrdC
C
PF01300 Sua5_yciO_yrdC 75-252 aa
XP_057781797.1
274 aa
N
1
137
274
Sua5_yciO_yrdC
C
PF01300 Sua5_yciO_yrdC 75-252 aa
XP_057781798.1
274 aa
N
1
137
274
Sua5_yciO_yrdC
C
PF01300 Sua5_yciO_yrdC 75-252 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781796.1 Pfam PF01300 Sua5_yciO_yrdC Domain 75 252 1.5e-45 155.5 Telomere recombination
XP_057781797.1 Pfam PF01300 Sua5_yciO_yrdC Domain 75 252 1.5e-45 155.5 Telomere recombination
XP_057781798.1 Pfam PF01300 Sua5_yciO_yrdC Domain 75 252 1.5e-45 155.5 Telomere recombination

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925813.1
GGAAATCCAACGTGATTATTACTTCTCAGTCTATAGGTCTATAATGCTCGCAATTTCTAAATTCCAATCCCTAATCCTCAAAATCGACGCCCTTCCTCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCGGCGGTTTGGACTCCTTCGCATTCTTCTTAGTTTTCGTTGAAAGATTTAGAGCTTTTTCAGGTTCCTCTATCTCTTTGTCGAAGTCAGCATTGGTCTCTTGAAGCAGGCAAGGCTGAAATCTGATGAGATTTGCAGCTCCGAC...
XM_057925814.1
TTCTCAGTCTATAGGTCTATAATGCTCGCAATTTCTAAATTCCAATCCCTAATCCTCAAAATCGACGCCCTTCCTCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCGGCGGTTTGGACTCCTTCGCATTCTTCTTAGTTTTCGTTGAAAGATTTAGAGCTTTTTCAGGTTCCTCTATCTCTTTGTCGAAGTCAGCATTGGTCTCTGCAAGGCTGAAATCTGATGAGATTTGCAGCTCCGACGAAATTAGCCGAGGCCCAATCTCTGCCCCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131000054
ATGAGATTTGCAGCTCCGACGAAATTAGCCGAGGCCCAATCTCTGCCCCTTCTCTTCACCTCTCTCTTTCAACACTCCACACAAGGGGTGCGGAGGCTGCAATTCCTGCCTACTTCTCCAAGTAGGAGAAGTATCGCGACTGCGATGGCTTGGAGTTTGGAGAATACGGCAACGGGCTTAGTGCGGCCGGCAACTGCAGATTATGCGGCAGATGCGATCGAAGCTGTCAAGGCCGGAAAAGTGATCGCTGTGCCAACTGA...
LOC131000054
ATGAGATTTGCAGCTCCGACGAAATTAGCCGAGGCCCAATCTCTGCCCCTTCTCTTCACCTCTCTCTTTCAACACTCCACACAAGGGGTGCGGAGGCTGCAATTCCTGCCTACTTCTCCAAGTAGGAGAAGTATCGCGACTGCGATGGCTTGGAGTTTGGAGAATACGGCAACGGGCTTAGTGCGGCCGGCAACTGCAGATTATGCGGCAGATGCGATCGAAGCTGTCAAGGCCGGAAAAGTGATCGCTGTGCCAACTGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057781796.1
MRFAAPTKLAEAQSLPLLFTSLFQHSTQGVRRLQFLPTSPSRRSIATAMAWSLENTATGLVRPATADYAADAIEAVKAGKVIAVPTDTLYGFACDACSMEAVHRIYEIKGRKHTSPLAICVGDVQDIQRFATTHHLPLGLLDSLLPGPVTVVLRRGDSSILEKSLNPGLDSIGVRVPDCDFIRLIARGSRSALALTSANLSGQPSSVDVKDFENLWQHCACIYNGGLLPSGRAGSTVVDLTKPGEFKILRPGSAKEETIA...
XP_057781797.1
MRFAAPTKLAEAQSLPLLFTSLFQHSTQGVRRLQFLPTSPSRRSIATAMAWSLENTATGLVRPATADYAADAIEAVKAGKVIAVPTDTLYGFACDACSMEAVHRIYEIKGRKHTSPLAICVGDVQDIQRFATTHHLPLGLLDSLLPGPVTVVLRRGDSSILEKSLNPGLDSIGVRVPDCDFIRLIARGSRSALALTSANLSGQPSSVDVKDFENLWQHCACIYNGGLLPSGRAGSTVVDLTKPGEFKILRPGSAKEETIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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